新生儿肠梗阻的原因包括先天性肠道发育畸形（如肠闭锁、肠狭窄、肠旋转不良、先天性肛门直肠畸形）、胎粪性肠梗阻、腹腔内感染与粘连（宫内感染、出生后感染）、嵌顿性疝、功能性肠梗阻（麻痹性肠梗阻）及血管因素（如先天性肠扭转不良致肠系膜血管受压、新生儿肠套叠）。
肠狭窄：比肠闭锁少见，多为膜式狭窄，是由于胎儿肠道内上皮细胞过度增生，再通时吸收不完全所致。
肠旋转不良：胚胎期肠管以肠系膜上动脉为轴心的旋转运动发生障碍，导致肠道位置发生变异及肠系膜附着不全，易引起十二指肠梗阻及小肠扭转等，从而引发肠梗阻。
先天性肛门直肠畸形：约占新生儿消化道畸形的1/3，包括肛门闭锁、直肠闭锁等，可导致新生儿出生后无正常胎便排出，进而引起肠梗阻。
胎粪性肠梗阻
多见于早产儿，由于先天性肠道酶缺乏，使胎粪黏稠，不能正常排出，积聚在肠道内引起梗阻。胎儿在宫内时，肠道分泌的消化液等与肠内容物混合形成胎粪，若肠道酶异常，胎粪性状改变，就会导致梗阻。
腹腔内感染与粘连
宫内感染：胎儿在宫内受到病毒、细菌等感染，可引起腹膜炎，导致肠粘连，进而引发肠梗阻。例如，孕妇在孕期感染风疹病毒等，可能影响胎儿肠道发育，导致腹腔内炎症和粘连。
出生后感染：新生儿出生后因感染性疾病，如新生儿败血症等，引起腹腔内炎症，也可导致肠粘连，造成肠梗阻。
嵌顿性疝
新生儿腹股沟疝较常见，若疝内容物（多为肠管）嵌顿，不能回纳，就会引起肠梗阻。这是因为疝环较小，肠管疝入后无法自行复位，导致肠道内容物通过障碍。
其他原因
功能性肠梗阻（麻痹性肠梗阻）：可因新生儿窒息、败血症、腹膜炎等疾病引起，由于肠道神经功能紊乱，导致肠道蠕动功能减弱或消失，肠内容物不能正常运行，从而发生肠梗阻。例如，新生儿窒息后，机体处于应激状态，可能影响肠道的神经调节，导致麻痹性肠梗阻。
血管因素：如先天性肠扭转不良导致的肠系膜血管受压，或新生儿出现肠套叠（虽然新生儿肠套叠相对少见，但也可引起肠梗阻），肠套叠是一段肠管套入与其相连的肠腔内，并导致肠内容物通过障碍，其发生可能与肠道蠕动功能紊乱等因素有关。
