布加综合征是由多种病因引起肝静脉和（或）其开口以上段下腔静脉阻塞性病变致肝静脉回流受阻，引发门静脉高压及下腔静脉高压相关症候群，主要病因有先天性血管异常（下腔静脉膜性或节段性狭窄或闭塞、肝静脉发育异常）、血液高凝状态（原发性高凝状态、继发性高凝状态）、外源性压迫（肿瘤压迫、外在纤维组织压迫）。
下腔静脉膜性或节段性狭窄或闭塞：胚胎发育过程中，下腔静脉发育异常可导致膜性或节段性狭窄或闭塞。这种先天性的血管结构异常会阻碍血液回流，进而引发布加综合征。在儿童患者中，先天性血管异常导致布加综合征的比例相对较高，可能与胚胎时期血管发育的特殊阶段受某些因素影响有关。
肝静脉发育异常：肝静脉本身的发育异常，如肝静脉缺如、狭窄等，也会影响血液的正常回流，是布加综合征的一个潜在病因。
血液高凝状态
原发性高凝状态：某些遗传性或获得性因素可导致机体处于高凝状态。例如，蛋白C、蛋白S缺乏症等遗传性疾病，会使体内抗凝系统功能异常，容易形成血栓。有研究表明，部分布加综合征患者存在蛋白C或蛋白S的基因突变，导致其抗凝功能下降，增加了血管内血栓形成的风险，进而引发布加综合征。
继发性高凝状态：一些疾病或情况可引起继发性高凝状态，如恶性肿瘤患者，肿瘤细胞释放某些物质可促进凝血系统激活；长期口服避孕药的女性，避孕药中的雌激素成分可能影响凝血功能；产后的女性，由于体内激素水平变化等原因，也可能出现高凝状态，这些情况都可能导致血管内血栓形成，累及肝静脉或下腔静脉，引发布加综合征。
外源性压迫
肿瘤压迫：腹腔内的一些肿瘤，如肝癌、肾癌、肾上腺癌等，可直接压迫肝静脉或下腔静脉，导致血管腔狭窄或闭塞。肿瘤的生长会逐渐侵占血管空间，影响血液的正常流通。例如，肝癌组织可能侵犯肝静脉，使其管腔变窄，血流受阻，从而引发布加综合征相关的临床表现。
外在纤维组织压迫：某些炎症性疾病或术后粘连等情况可能导致外在纤维组织压迫肝静脉或下腔静脉。比如，腹腔内的慢性炎症反复刺激，可能形成纤维组织增生，进而压迫血管；腹部手术后，局部组织粘连也可能对血管产生压迫作用，影响血液回流，增加布加综合征的发病风险。
