人感染尼帕病毒后，症状可分为初期症状、进展期症状、重症表现等几个阶段。
1.初期症状
常以突发高热起病，体温迅速升至39℃以上，伴随剧烈头痛，多集中于前额或太阳穴区域。全身肌肉酸痛明显，以背部、四肢为著，活动时加重，同时伴有极度乏力、食欲下降。部分患者会出现咽痛、干咳、恶心、呕吐及腹泻等呼吸道和消化道症状。
2.进展期症状
病毒侵袭中枢神经系统后，患者迅速出现嗜睡、意识模糊、定向力障碍，严重者发生抽搐、昏迷。脑干受损可表现为眼球震颤或异常。呼吸系统受累时，突发气促、低氧血症，发展为急性呼吸窘迫综合征，需机械通气支持。
3.重症表现
多器官功能衰竭，如心律失常、黄疸、少尿等，严重者可因脑水肿或呼吸循环衰竭死亡。约20%幸存者遗留癫痫、认知障碍或肢体瘫痪等长期后遗症。
