尼帕病毒感染的诊断依据包括流行病学接触史、典型临床表现、病原学检查阳性等。
1.流行病学接触史
发病前两周内曾接触果蝠、病猪或其分泌物排泄物，或食用被污染的生鲜椰枣汁、水果。与确诊或疑似病例有密切接触，或在疫情发生地旅居停留。此项是临床排查的重要基础。
2.典型临床表现
突发高热、剧烈头痛、肌痛等流感样症状。迅速出现的嗜睡、意识模糊、抽搐等脑炎表现，或伴有咳嗽、呼吸困难等肺炎征象。病情急骤进展，短期内由发热发展为神经系统受累，是重要的临床警示信号。
3.病原学检查阳性
急性期标本如咽拭子、脑脊液、血液或尿液中，逆转录聚合酶链反应检测尼帕病毒核酸阳性，或脑脊液、血清中检出特异性免疫球蛋白M抗体，或双份血清免疫球蛋白G抗体滴度呈四倍以上升高，或从标本中成功分离出尼帕病毒。
