尼帕病毒感染的诊断流程包括临床筛查与流行病学关联、样本采集与实验室紧急检测、辅助检查与鉴别诊断等。
1.临床筛查与流行病学关联
医生接诊时首先评估患者是否突发高热、剧烈头痛及意识障碍等核心症状。同时详细询问发病前两周内是否处于疫情地区，有无接触果蝠、病猪或其分泌物，是否食用生椰枣汁或被污染水果，以及是否接触过类似症状患者。符合流行病学史加至少一项临床表现者，即列为疑似病例，立即启动隔离并采样。
2.样本采集与实验室紧急检测
在发病急性期内优先采集咽拭子、血液及脑脊液，有神经系统症状者必须留取脑脊液。样本在低温条件下专人专箱运送至具备生物安全条件的实验室。首选逆转录聚合酶链反应进行病毒核酸检测，通常数小时内可获结果。若发病已超五天，同时加做血清免疫球蛋白M抗体检测。核酸检测阳性或免疫球蛋白M抗体阳性者即列为确诊病例。
3.辅助检查与鉴别诊断
同步进行头部磁共振成像检查，观察脑实质有无特征性斑片状病灶。开展血常规、肝功能及脑脊液常规生化检查，评估器官损伤程度。同时进行疟疾、伤寒、其他病毒性脑炎等相关病原体排查，排除其他发热伴神经系统症候群疾病。
