没有明确证据表明HPV感染会直接引起甲状腺炎，二者属于不同系统的疾病。
HPV感染主要侵犯人体皮肤和黏膜上皮细胞，常见的是影响生殖道、口腔咽喉等部位，和宫颈病变、尖锐湿疣、部分头颈部肿瘤相关，它的作用靶点是上皮组织，不会直接攻击甲状腺细胞。甲状腺炎多和自身免疫、病毒感染、遗传、内分泌紊乱等有关，比如桥本甲状腺炎是自身免疫问题，亚急性甲状腺炎常和柯萨奇病毒、腺病毒等相关，这些病毒和HPV的结构、感染途径、作用器官都完全不同，所以HPV一般不会直接导致甲状腺炎。
不过临床上偶尔会有人同时查出HPV感染和甲状腺炎，这大多是巧合或者身体整体免疫状态偏低导致的。当免疫力长期较差时，既容易被HPV持续感染难以清除，也可能出现自身免疫紊乱，诱发甲状腺方面的问题，并不是HPV直接攻击甲状腺造成的。两者之间没有直接的因果关系，只是在免疫力低下的人群中可能同时出现，不能理解为HPV引起了甲状腺炎。
查出HPV感染只需针对性筛查宫颈或相关病变，甲状腺不适可单独检查甲功和甲状腺彩超，两者分开评估即可，不必过度关联恐慌。如果同时出现两种问题，可在医生指导下分别处理，重点提升自身免疫力，定期复查观察变化。
