霉菌性食管炎的发生与病原菌感染、机体免疫功能低下、食管局部因素等有关。
1.病原菌感染
白色念珠菌是霉菌性食管炎最常见的病原菌。正常情况下，人体口腔、消化道等部位存在白色念珠菌，当机体抵抗力下降时，如长期使用广谱抗生素、糖皮质激素，或患有糖尿病、艾滋病等基础疾病时，白色念珠菌大量繁殖，侵袭食管黏膜引发炎症。其他念珠菌属如光滑念珠菌、热带念珠菌等也可引起霉菌性食管炎，但相对白色念珠菌而言较为少见。
2.机体免疫功能低下
糖尿病患者长期高血糖状态，一方面，高血糖环境为念珠菌生长提供了有利条件；另一方面，糖尿病会导致患者免疫细胞功能异常，如中性粒细胞的趋化、吞噬功能以及淋巴细胞的免疫功能均受到影响，使得机体对念珠菌的清除能力下降，容易引发霉菌性食管炎。艾滋病患者由于感染人类免疫缺陷病毒（HIV），导致CD4+T淋巴细胞大量破坏，机体细胞免疫功能严重受损，对各种病原体包括念珠菌的抵抗力极度低下，极易发生霉菌性食管炎，且病情往往较为严重，难以控制。
3.食管局部因素
反流性食管炎患者由于胃酸、胃蛋白酶等反流物长期刺激食管黏膜，导致食管黏膜屏障功能受损。食管黏膜的正常防御机制被破坏后，更容易受到念珠菌等病原体的侵袭，从而引发霉菌性食管炎。食管狭窄患者由于食管管腔狭窄，食物通过不畅，容易导致食物潴留，为念珠菌生长提供了适宜的环境；食管憩室患者，憩室内容易有食物残渣残留，也有利于念珠菌等病原体滋生，进而引发霉菌性食管炎。
