病毒性脑炎后遗症包括运动功能障碍，如肢体瘫痪影响正常动作；认知障碍，如记忆力、注意力、学习能力下降；精神行为异常，如情绪不稳定、出现怪异行为；癫痫发作，如突然抽搐、意识丧失；语言障碍，如表达和接受性语言障碍，这些后遗症分别因脑炎影响相应大脑功能区域导致神经传导等出现问题，影响不同人群的生活、发育、社交等。
认知障碍
患者可能出现不同程度的认知障碍，包括记忆力减退，难以记住近期发生的事情；注意力不集中，难以长时间专注于某一事物；学习能力下降，对于新知识的获取和理解困难。例如在学龄儿童中，可能表现为学业成绩明显下滑，无法像患病前那样顺利跟上学习进度。这是由于脑炎累及了大脑负责记忆、注意、学习等功能的区域，影响了神经细胞的正常功能和神经突触的传递。
精神行为异常
部分患者会出现精神行为异常，如情绪不稳定，易激动、烦躁或抑郁；出现怪异的行为，比如无目的的重复动作、攻击性行为等。这是因为脑炎对大脑的情绪调节和行为控制中枢产生了影响，破坏了神经递质的平衡，如多巴胺、血清素等神经递质的异常可能导致精神行为方面的改变。对于成年患者，这种精神行为异常可能会严重影响其日常生活和社会交往；对于儿童患者，可能会干扰其正常的心理发展和社会适应能力。
癫痫发作
病毒性脑炎后遗症还可能引发癫痫，表现为突然的抽搐、意识丧失等症状。这是因为脑炎导致大脑神经元异常放电，当异常放电达到一定程度时就会引发癫痫发作。癫痫发作的频率和严重程度因人而异，有的患者可能偶尔发作一次，有的则可能频繁发作，严重影响患者的生活质量和身体健康，尤其是对于儿童患者，频繁的癫痫发作可能会影响其大脑的进一步发育。
语言障碍
部分患者存在语言障碍，包括表达性语言障碍，即难以用语言清晰准确地表达自己的想法；接受性语言障碍，即理解他人语言的能力下降。例如患者可能听不懂别人说的话，或者自己想说的话无法用恰当的语言表述出来。这是由于脑炎影响了大脑语言中枢的功能，导致语言相关的神经传导和处理出现问题。在儿童患者中，语言障碍可能会阻碍其与外界的有效沟通，对其社交和学习产生不利影响。
