肛瘘主要症状包括反复流脓（多为稀薄黏液或脓液，颜色可呈淡黄色或灰白色）、肛门周围肿块或硬结（常因炎症反复发作形成）、疼痛（急性发作时明显，慢性期可能隐痛）、瘙痒（脓液或分泌物刺激肛周皮肤引起），部分患者伴发热或全身不适（急性感染期可能出现）。
流脓：肛瘘外口持续或间歇性流出少量脓性、血性、黏液性分泌物，分泌物刺激肛周皮肤可引起潮湿、瘙痒甚至湿疹。脓液量多少与瘘管大小、长短及是否急性发作有关。
疼痛：平时一般疼痛不明显，当外口闭合，瘘管内脓液积聚，可感到明显疼痛，疼痛程度随炎症加重而加剧，且可放射至臀部、腰骶部或会阴部。
肿块：较大的高位或复杂性肛瘘，可在肛门周围触及条索状硬结，按压时有轻微疼痛，这是由于瘘管纤维化或炎症组织增生形成。
瘙痒：由于肛瘘反复流出分泌物，刺激肛周皮肤，导致局部皮肤潮湿、瘙痒，长期搔抓可引起皮肤增厚、色素沉着甚至苔藓样变。
特殊人群注意：婴幼儿肛瘘多为先天性，常因肛门腺感染引起，症状可能不典型，易被忽视，家长需注意观察婴幼儿肛周是否有异常分泌物或红肿；老年人肛瘘常因长期便秘、糖尿病等基础疾病影响愈合，需更注重全身营养支持和血糖控制；孕妇患肛瘘时，治疗需权衡孕期用药安全性，优先考虑保守治疗或产后手术，避免影响胎儿安全。
