肛瘘的主要症状为肛门周围反复出现的异常分泌物、局部疼痛（尤其在急性发作期或排便时加重）、肿块或硬结感，以及肛门周围皮肤瘙痒或湿疹。
1. 慢性期症状：表现为肛门周围皮肤出现反复流脓，脓液颜色多为黄色或黄绿色，质地较稠，气味较明显；局部皮肤因长期受分泌物刺激而出现瘙痒、潮湿，甚至形成湿疹；部分患者可触及肛门内或周围的条索状硬结，按压时可能有轻微疼痛。
2. 急性感染期症状：当肛瘘出现急性感染时，局部红肿疼痛明显加剧，可能形成脓肿，表现为肛门周围皮肤红肿、发热，疼痛剧烈，甚至影响行走和坐卧；部分患者可伴有发热、乏力等全身症状，血常规检查可见白细胞计数升高。
3. 复杂性肛瘘症状：此类肛瘘通常病程较长，反复发作，可能存在多个外口或瘘管分支，分泌物较多且性质复杂；肛门周围皮肤因长期炎症刺激可出现瘢痕形成、皮肤增厚，甚至出现假性愈合，导致感染反复发作；患者可能因长期慢性感染而出现营养不良、贫血等全身症状。
4. 特殊人群症状差异：婴幼儿肛瘘患者症状可能不典型，多表现为肛门周围反复红肿、流脓，易被家长忽视，需及时就医明确诊断；老年患者因身体机能下降，肛瘘症状可能更复杂，合并糖尿病等基础疾病时，感染不易控制，易形成慢性感染或反复发作。
