透明隔囊肿的治疗需根据囊肿大小、症状及病因综合判断。无症状且无进展的囊肿通常无需特殊治疗，定期随访即可；有症状或囊肿增大者需手术干预，如内镜下囊肿-脑室造瘘术。
无症状且稳定的囊肿：若囊肿较小（直径＜10mm）且无明显占位效应，患者无头痛、认知障碍等症状，建议每6~12个月进行一次头颅MRI检查，监测囊肿大小及周围脑组织变化，避免过度干预。
有症状或进展性囊肿：当囊肿导致明显头痛、癫痫发作或认知功能下降，或囊肿在随访中快速增大（每年增长＞2mm）时，需考虑手术治疗。目前首选内镜下囊肿-脑室造瘘术，通过微创方式建立囊肿与脑室的沟通通道，缓解压迫，改善症状。
特殊人群注意事项：儿童患者若囊肿无明显症状且稳定，优先选择保守观察，避免过早手术对脑发育的潜在影响；老年患者需综合评估手术耐受性，权衡囊肿进展风险与手术风险，制定个体化方案。
药物辅助治疗：若患者合并癫痫，可在医生指导下使用丙戊酸钠等抗癫痫药物控制发作，但药物无法消除囊肿本身，需与手术治疗结合评估疗效。
