阴茎短小的药物治疗需根据具体情况判断。青春期前儿童若阴茎长度明显短于同龄均值，可能需警惕内分泌问题，需由专业医生评估是否需激素治疗；成年男性若因激素缺乏（如睾酮低下）导致，可在医生指导下使用相关激素药物，但对单纯发育正常的阴茎短小无效。
对于青春期发育阶段的青少年，若阴茎长度低于同龄人，建议先就医排查是否存在促性腺激素缺乏等内分泌疾病，必要时在医生指导下进行激素治疗。
成年男性阴茎短小，若经检查确认无激素异常，目前尚无经循证医学证实有效的药物可显著增加阴茎长度，手术治疗（如阴茎延长术）需严格评估必要性。
特殊人群方面，儿童阴茎短小需避免盲目用药，应先由儿科或内分泌科医生明确病因，排除肥胖、染色体异常等因素；老年男性若因雄激素不足导致性功能下降，可在泌尿外科或男科医生指导下评估激素治疗的适用性。
若因肥胖导致阴茎外观短小，通过科学减重（如合理饮食+规律运动）可能改善视觉效果，无需药物干预。
