婴儿巨细胞病毒感染对部分患儿较为严重，可能导致听力、视力障碍等后遗症，但多数新生儿感染可无明显症状或症状轻微，经规范治疗后预后良好。
婴儿巨细胞病毒感染的严重程度因感染时机和免疫状态而异。先天性感染指孕期感染病毒后通过胎盘传播给胎儿，可能导致早产、低出生体重、肝脾肿大等并发症，远期风险包括听力损伤、神经发育障碍。围产期感染通过母婴产道或母乳喂养传播，症状通常较轻，多数婴儿可自愈，但免疫功能低下者可能发展为间质性肺炎等。
出生后感染（非先天）患儿中，免疫功能正常者多表现为无症状或轻微呼吸道症状，少数出现肝功能异常。免疫低下婴儿（如早产儿、HIV感染婴儿）感染后可能进展为严重疾病，如肝炎、脑炎或全身性巨细胞病毒病，需及时干预。
治疗方面，免疫正常且无症状的婴儿通常无需抗病毒治疗，定期随访监测即可。免疫低下或有症状的婴儿，可在医生指导下使用抗病毒药物。
对于早产儿、低出生体重儿、免疫功能受损儿童及母乳喂养婴儿，建议加强感染监测，避免交叉感染。母亲感染巨细胞病毒时，新生儿应在医生指导下进行母乳喂养或人工喂养的选择，确保营养摄入同时降低感染风险。
