支原体肺炎有呼吸系统相关后遗症如咳嗽迁延不愈、气道高反应性相关症状，还有其他系统相关后遗症如心血管系统相关表现、神经系统相关症状，其长期预后受个体差异（年龄是重要影响因素、性别无明确显著影响但机能差异有体现）、基础健康状况（有基础疾病者易增后遗症概率、健康者易完全恢复）、治疗及时性和规范性（早期规范治疗可减少后遗症发生）影响。
一、呼吸系统相关后遗症症状
（一）咳嗽迁延不愈
部分支原体肺炎患儿在急性期症状缓解后，仍会持续咳嗽较长时间。研究表明，约有10%-30%的支原体肺炎患儿会出现咳嗽持续超过8周的情况，这种咳嗽可能为刺激性干咳，在夜间或晨起时相对更为明显，严重影响患儿的生活质量，尤其对于年龄较小的儿童，长期咳嗽可能导致呼吸肌疲劳、睡眠障碍等问题。不同年龄儿童表现可能略有差异，年幼儿童可能因不会表述而表现为频繁清嗓、喘息样咳嗽等。
（二）气道高反应性相关症状
患儿可能出现喘息、气促等症状。支原体感染可能引发气道炎症，导致气道黏膜水肿、平滑肌痉挛，使气道反应性增高。在接触冷空气、刺激性气味或运动后，更容易诱发喘息发作，肺功能检查可发现气道阻力增加等表现。对于有过敏体质的儿童，发生气道高反应性的风险可能更高，此类儿童在支原体肺炎后更易反复出现喘息等症状。
二、其他系统相关后遗症症状
（一）心血管系统相关表现
极少数支原体肺炎患儿可能出现心脏受累的后遗症，如心肌损伤。表现为心悸、胸闷等症状，心电图检查可能发现ST-T改变、心律失常等异常，心肌酶谱（如肌酸激酶同工酶、肌钙蛋白等）可能有轻度升高。不同年龄儿童心脏受累的表现可能不同，婴幼儿可能表现为精神萎靡、喂养困难等非特异性症状，需要通过进一步的心脏相关检查来明确诊断。
（二）神经系统相关症状
部分支原体肺炎患儿可能出现神经系统后遗症，如头痛、头晕、注意力不集中等。支原体感染可能通过免疫反应等机制影响神经系统，引起神经功能紊乱。对于学龄期儿童，注意力不集中可能会影响学习成绩，需要家长和老师密切关注。另外，少数严重病例可能出现惊厥等神经系统症状，但相对较为少见。
三、长期预后及影响因素
（一）个体差异的影响
年龄是重要影响因素之一，新生儿和小婴儿由于免疫系统和各器官发育尚未完善，支原体肺炎后发生后遗症的风险可能相对较高，且病情变化更为隐匿。而青少年和成年患者在支原体肺炎后出现后遗症的情况相对儿童可能有所不同，但也不能忽视。性别方面，目前尚无明确证据表明性别差异会显著影响支原体肺炎后遗症的发生种类，但不同性别儿童的身体机能差异可能在后遗症的表现和恢复过程中有所体现。
（二）基础健康状况的影响
本身有基础疾病的儿童，如患有支气管哮喘、先天性心脏病等基础疾病的患儿，在发生支原体肺炎后，出现后遗症的概率可能增加。例如，有支气管哮喘基础的患儿，支原体肺炎后更易诱发哮喘的反复发作，加重气道高反应性等情况。而健康状况良好的儿童在支原体肺炎后相对更容易完全恢复，发生后遗症的风险较低。
（三）治疗及时性和规范性的影响
早期规范的治疗对于减少支原体肺炎后遗症的发生至关重要。如果在急性期没有得到及时有效的抗支原体治疗，如未及时使用大环内酯类抗生素等规范治疗，可能会增加后遗症发生的可能性。及时且规范的治疗可以更好地控制感染，减轻炎症反应，从而降低出现呼吸系统、心血管系统、神经系统等后遗症的风险。
