肺部真菌感染的用药需根据感染的真菌种类、患者健康状况等因素综合选择，常用药物有三唑类抗真菌药、多烯类抗真菌药、棘白菌素类抗真菌药等。
1.三唑类抗真菌药
如氟康唑、伊曲康唑、伏立康唑等，通过抑制真菌细胞膜麦角固醇合成发挥杀菌作用。氟康唑对白色念珠菌感染效果显著；伊曲康唑对曲霉菌、组织胞浆菌等有广谱抗菌活性；伏立康唑对曲霉菌、念珠菌等多数致病真菌有效，是侵袭性曲霉菌病的一线药物。
2.多烯类抗真菌药
如两性霉素B及其脂质体制剂，通过破坏真菌细胞膜发挥杀菌作用。两性霉素B对多种深部真菌感染有效，但肾毒性较大；脂质体制剂可降低肾毒性，适用于不能耐受传统制剂的患者。
3.棘白菌素类抗真菌药
如卡泊芬净、米卡芬净等，通过抑制真菌细胞壁合成发挥作用，对念珠菌和曲霉菌有较好疗效，尤其适用于难治性念珠菌血症和侵袭性曲霉病。
