中医治疗扁平疣一般可以采取中药内服、中药外敷、针灸疗法、火针疗法等措施。
1.中药内服
根据证型选择方剂，湿热蕴结型用马齿苋合剂（含马齿苋、大青叶等）清热解毒；肝郁血瘀型用桃红四物汤加减（含桃仁、红花等）活血化瘀；脾虚湿蕴型用参苓白术丸配合薏苡仁、马齿苋等健脾化湿。需由中医师辨证开方，避免自行用药。
2.中药外敷
鸦胆子油可直接点涂疣体，腐蚀赘生物，需用棉签精准操作并保护周围皮肤；木贼草煎汁湿敷适用于多发浅表疣体，每日敷用可促进疣体脱落；板蓝根煎液冷却后湿敷，其靛玉红成分有抗病毒效果。
3.针灸疗法
选取合谷、曲池、血海等穴位进行毫针针刺，配合疣体局部围刺，调节经络气血运行，增强局部免疫力；对多发性疣体可配合艾灸足三里穴提升正气。
4.火针疗法
用特制火针烧红后快速灼烧疣体基底部，利用高温直接破坏病毒感染的角质形成细胞，适用于孤立性较大疣体。操作前需局部消毒麻醉，术后保持创面干燥避免感染。
