支气管结核和肺结核的治疗原则基本相同，但在具体方案和疗程上存在一定区别。
两者都属于结核分枝杆菌感染，核心治疗都是规范的抗结核药物治疗，通常采用多种药物联合使用，目的都是杀灭结核菌、控制感染、防止复发。常用药物种类基本一致，都需要遵循早期、联合、适量、规律、全程的原则。但支气管结核病变位置在气道黏膜，更容易造成气道狭窄、阻塞，治疗难度相对更大，疗程一般会比普通肺结核更长，避免因治疗不彻底留下气道狭窄后遗症。
在治疗重点上，普通肺结核以全身用药为主即可控制病情，而支气管结核除了口服药物外，常常需要配合雾化吸入治疗，让药物直接作用于气道病灶，提高局部药物浓度，更好地控制黏膜炎症。部分患者还需要在病情稳定后进行气道介入处理，预防和治疗气道狭窄，这是与普通肺结核治疗上的主要不同之处。
怀疑或确诊支气管结核、肺结核都应到正规结核病定点医院就诊，严格按医嘱完成全程治疗，定期复查肺功能、支气管镜等，不要自行停药减药，出现咳嗽加重、呼吸困难等情况要及时就医，避免留下气道狭窄等永久损伤。
