甲减不及时治疗会对全身多系统造成损害，短期可能出现疲劳、记忆力下降等症状，长期可能引发心血管疾病、代谢紊乱甚至黏液性水肿昏迷，其中未控制的甲减对儿童生长发育和成人生活质量影响尤为显著。
心血管系统损害
甲状腺激素不足会导致血脂代谢异常，低密度脂蛋白胆固醇升高，动脉粥样硬化风险增加，可能诱发冠心病、心力衰竭，尤其对合并高血压的患者危害更大。
代谢与内分泌紊乱
代谢率降低引发血糖调节障碍，胰岛素敏感性下降，增加2型糖尿病风险；女性可能出现月经紊乱、不孕，男性性欲减退、勃起功能障碍，内分泌失衡影响生育和性功能。
儿童生长发育障碍
儿童甲减若未及时干预，会导致生长迟缓、智力发育受损，表现为身材矮小、学习能力下降，严重时形成不可逆的智力障碍，影响终身发展。
特殊人群风险
老年甲减患者易因代谢低下出现便秘、怕冷、肌肉无力，甚至诱发心律失常；孕期甲减未控制可能增加早产、流产风险，影响胎儿神经发育，需在孕前及孕期加强监测。
其他系统影响
消化系统因胃肠蠕动减慢出现便秘、腹胀；皮肤干燥、毛发稀疏，精神萎靡，影响生活质量；严重时黏液性水肿可累及心脏、呼吸肌，导致昏迷，危及生命。
