扁平疣治疗以外用药物为主，必要时可联合免疫调节剂，儿童及孕妇需谨慎选择。
外用药物方面，维A酸类药物可调节角质代谢，如维A酸乳膏，适合无明显炎症的皮损；水杨酸制剂能软化角质，如阿司匹林水杨酸贴剂，适用于单个皮损。咪喹莫特乳膏可调节局部免疫，对泛发性皮损有一定效果，但需注意皮肤刺激反应。
系统药物治疗适用于皮损泛发或顽固病例，如免疫调节剂转移因子口服液，可增强免疫力；中药板蓝根、大青叶提取物有抗病毒辅助作用，但需在医生指导下使用。
特殊人群需注意：儿童应优先选择温和的外用维A酸类药物，避免使用刺激性强的水杨酸制剂；孕妇需避免使用咪喹莫特等可能影响胎儿的药物，建议优先物理治疗；糖尿病患者需控制血糖，避免因免疫力下降加重感染风险。
物理治疗如激光、冷冻等适用于单个或少量皮损，安全性高且复发率低，可作为药物治疗无效时的选择。日常需避免搔抓，保持皮肤清洁，减少病毒扩散风险。
