流产原因复杂，主要与胚胎染色体异常、母体内分泌失调、免疫功能异常、解剖结构异常及感染、不良生活方式等因素相关，早期流产占比超80%。
胚胎染色体异常是早期流产最常见原因，约50%~60%早期流产与此有关，多因父母遗传物质异常或胚胎受精后分裂过程中染色体突变，高龄孕妇（≥35岁）发生率更高。
母体内分泌失调可引发流产，如甲状腺功能减退、糖尿病血糖控制不佳、黄体功能不足等，甲状腺激素水平异常会影响胚胎发育，糖尿病患者血糖波动易致胚胎着床环境改变。
免疫功能异常包括自身免疫性疾病（如系统性红斑狼疮）、同种免疫因素（如抗磷脂综合征），免疫紊乱导致母体对胚胎产生排斥反应，抗磷脂抗体阳性女性流产风险显著升高。
解剖结构异常涉及子宫畸形（如纵隔子宫、双角子宫）、宫腔粘连、宫颈机能不全等，子宫结构异常影响胚胎着床和发育空间，宫颈机能不全者易在孕中期发生流产。
感染与不良生活方式也可诱发流产，生殖道感染（如衣原体、支原体感染）、严重吸烟酗酒、过量咖啡因摄入、接触有害物质（如铅、汞）等，均会增加流产风险，孕期需避免此类暴露。
