肛瘘的治疗方法以手术为主，包括肛瘘切开术、肛瘘切除术、肛瘘挂线术等，部分低位肛瘘可通过非手术治疗缓解症状，但手术仍是根治关键。
- 低位肛瘘：通常采用肛瘘切开术或切除术，通过直接切开瘘管，清除内口和瘘管组织，促进愈合。此类手术创伤较小，恢复较快，适合无复杂分支的低位单纯性肛瘘。
- 高位肛瘘：多采用肛瘘挂线术，利用橡皮筋缓慢切割瘘管，保护肛门括约肌功能，减少术后失禁风险。若存在多个分支，可能需分期手术处理。
- 复杂性肛瘘：需结合瘘管切开、切除与挂线等联合术式，必要时植皮覆盖创面，术后需定期换药以促进愈合。合并感染时需先抗感染治疗控制炎症。
- 非手术辅助治疗：适用于急性感染期或手术前后，可局部使用坐浴、外用抗菌药物缓解症状。需注意避免自行用药，尤其是孕妇、婴幼儿及肝肾功能不全者，应在医生指导下选择安全药物。
- 特殊人群护理：婴幼儿患者需谨慎选择手术方式，优先保守治疗至年龄适宜阶段；老年患者可能需评估全身状况后制定手术方案；糖尿病患者需严格控制血糖以降低感染风险。术后需加强伤口护理，避免便秘或腹泻影响愈合。
