肛瘘主要表现为肛门周围反复流脓、肿痛，可触及条索状瘘管，长期不愈可能继发感染或形成复杂性肛瘘。治疗以手术为主，需结合瘘管位置与感染程度选择术式，药物仅用于急性感染期控制炎症。
低位单纯性肛瘘：瘘管位于外括约肌深部以下，内口单一，可通过肛瘘切开术或瘘管切除术治疗，术后愈合较快，需注意保持局部清洁，避免便秘或腹泻影响伤口愈合。
低位复杂性肛瘘：存在多个内口或分支瘘管，需采用挂线疗法或瘘管切开结合挂线，减少术后肛门失禁风险，儿童患者因肛门括约肌发育未完全，挂线疗法更安全，成人需注意术后排便功能恢复。
高位肛瘘：瘘管穿过外括约肌深部以上，可能涉及肛门直肠环，多采用瘘管切开挂线术，需由经验丰富的外科医生操作，术后需定期复查，避免假性愈合，糖尿病患者需严格控制血糖以促进愈合。
复杂性肛瘘：合并肛周脓肿、窦道分支多或反复感染，常需分次手术或生物补片辅助，老年患者愈合能力弱，需加强营养支持，合并基础疾病者应优先控制原发病，术后排便训练可降低失禁风险。
术后护理需每日温水坐浴，保持局部干燥，避免久坐久站，饮食中增加膳食纤维预防便秘，减少对手术创面刺激，特殊人群如孕妇需在医生指导下选择治疗方案，避免影响胎儿发育。
