降低中药毒性需通过炮制减毒、合理配伍、控制剂量、规范煎煮及特殊人群管理五方面综合实施，以科学方法最大程度减少安全风险。
中药炮制是降低毒性的核心手段，通过物理化学方法破坏毒性成分结构。《中国药典》明确规定附子必须经炮制后入药，现代研究证实，高温炮制使乌头碱类成分水解，毒性降低80%-90%；马钱子砂烫后士的宁、马钱子碱等毒性生物碱含量减少60%以上，显著降低惊厥风险。
合理配伍利用成分协同作用降低毒性。经典配伍如甘草解附子毒（甘草酸调节乌头碱代谢）、生姜制半夏（姜辣素降低毒性）；现代研究发现黄连与乌头配伍可使乌头碱生物利用度降低40%。需避免禁忌联用（如十八反），遵循“君臣佐使”原则，如乌头忌与半夏同用。
毒性反应与剂量正相关，需严格限定含毒性成分药物的剂量。含乌头碱的附子、川乌，含马兜铃酸的关木通等，超量或长期使用可致中毒。研究表明，关木通超量服用可引发肾小管间质损伤，2003年WHO已将马兜铃酸列为重点关注毒素。
规范煎煮方法直接影响毒性成分溶出。附子需先煎30-60分钟（水温达100℃），使乌头碱水解90%以上；含朱砂的安神药宜后下（结束前15分钟加入），减少汞离子溶出；川乌、草乌久煎（2小时以上）可使毒性成分降至安全范围。
特殊人群对毒性耐受性差异显著。孕妇禁用含朱砂的安神药（汞蓄积毒性）、含雄黄的解毒药（砷中毒风险）；婴幼儿禁用含士的宁的马钱子制剂；肝肾功能不全者禁用马兜铃酸类药材（如关木通），需采用TDM（治疗药物监测）调整剂量。
