山楂麦芽水有一些禁忌需注意，胃酸过多者慎用，孕妇需谨慎，血糖异常人群需注意，脾胃虚弱者不宜过量饮用，儿童需在成人监护下谨慎饮用且不宜长期大量饮用。
山楂含有有机酸，如山楂酸等，会刺激胃酸分泌，对于本身胃酸过多的人群，饮用山楂麦芽水可能会加重反酸、烧心等不适症状，因为过多的胃酸会侵蚀胃黏膜，长期可能引发胃溃疡等问题。
孕妇需谨慎
山楂有一定的活血化瘀作用，虽然适量饮用一般问题不大，但对于孕妇尤其是有流产史或孕早期的孕妇来说，饮用山楂麦芽水可能增加流产风险，因为其可能会对子宫产生一定的刺激作用，促使子宫收缩。
血糖异常人群需注意
麦芽中含有一定量的碳水化合物，虽然山楂麦芽水不是高糖饮品，但对于糖尿病患者或血糖控制不稳定的人群，饮用后可能会引起血糖波动。因为麦芽中的糖分在体内代谢后会影响血糖水平，需要密切监测血糖变化；而对于低血糖人群，饮用后可能会进一步降低血糖，导致头晕、乏力等不适症状。
脾胃虚弱者不宜过量饮用
山楂和麦芽都有一定的消食作用，但对于脾胃虚弱的人，过量饮用山楂麦芽水可能会加重脾胃的消化负担，导致腹胀、腹泻等症状加重，因为脾胃虚弱者本身消化功能就较弱，过多的消食作用可能超出脾胃的承受能力。
儿童需在成人监护下谨慎饮用
儿童的消化系统尚未发育完全成熟，山楂麦芽水的消食作用对于儿童来说可能不太容易把握剂量，如果过量饮用，可能会引起消化不良等问题。而且儿童对食物成分的反应个体差异较大，有的儿童可能饮用后会出现不适症状，所以需要在成人监护下谨慎饮用，且不宜长期大量饮用。
