肉毒杆菌毒素可致局部肌肉运动异常如眼部注射致眼睑下垂、面部注射表情不自然等，大剂量或不当注射可引发全身乏力、呼吸困难等全身毒性反应，部分人会出现皮疹、瘙痒等过敏反应，多次注射后可能因产生抗体致效果不稳定或反弹，孕妇禁用因可能致畸，哺乳期禁用因毒素可通过乳汁影响婴儿，有神经系统疾病病史者使用需谨慎评估风险。
一、局部肌肉运动障碍
肉毒杆菌毒素作用于神经肌肉接头，干扰神经信号传递，可能导致局部肌肉运动异常。例如，眼部注射时可能出现眼睑下垂，影响正常睁眼；面部注射若范围或剂量控制不当，可引起面部表情不自然，出现笑容不对称等情况，这与毒素对相应神经支配的肌肉作用不均衡有关，不同个体因面部肌肉解剖差异及注射精准度不同，表现程度有别。
二、全身毒性反应
虽较为罕见，但大剂量或不当注射时，肉毒杆菌毒素可进入血液循环，影响多个系统功能。可能出现全身乏力、呼吸困难等症状，这是因为毒素干扰了神经对肌肉的正常调控，进而波及呼吸等重要系统功能，其发生与注射剂量、注射部位及个体对毒素的耐受程度相关，年龄较小或肝肾功能不全者可能更易受全身毒性影响。
三、过敏反应
部分人群可能对肉毒杆菌制剂中的成分过敏，表现为皮疹、瘙痒、喉头水肿等。过敏反应的发生取决于个体的过敏体质，有明确药物或食物过敏史的人群风险更高，过敏反应的严重程度因个体差异不同，轻者仅局部症状，重者可危及生命。
四、效果不稳定或反弹
多次注射后，人体可能产生抗体对抗毒素，导致效果逐渐减弱或反弹。不同个体对毒素的代谢速度及抗体产生情况有别，年龄较大者新陈代谢相对缓慢，可能更易出现效果不稳定；生活方式中频繁面部活动的人群，如演员等，面部肌肉运动频繁，也会加速毒素代谢，促使效果反弹。
五、特殊人群风险
孕妇：肉毒杆菌毒素可能通过胎盘影响胎儿发育，存在潜在致畸等风险，因孕期母体生理变化及胎儿对毒素敏感，需严格避免使用。
哺乳期女性：毒素可能通过乳汁传递给婴儿，影响婴儿正常生理功能，基于婴儿免疫系统及器官发育未完善，哺乳期应禁用。
有神经系统疾病病史者：使用肉毒杆菌可能加重原有神经系统疾病病情，如帕金森病患者使用后可能导致肌肉运动调控进一步紊乱，需谨慎评估风险后再决定是否使用。
