自身免疫性脑炎有多种常见症状，包括精神行为异常（性格改变等）、认知功能障碍（记忆力减退等）、癫痫发作（多种类型）、意识障碍（嗜睡到昏迷等不同程度）、自主神经功能紊乱（多汗、发热等），不同年龄、性别患者表现有差异，有自身免疫性疾病病史等人群患病风险或更易出现相应症状。
认知功能障碍：表现为记忆力减退，尤其是近期记忆力下降明显，患者可能经常忘记刚刚发生的事情、放置的物品位置等。还可能出现注意力不集中、计算力下降等情况，比如难以准确进行简单的算术运算等。不同年龄段人群都可能受影响，儿童可能表现为学习成绩下降等，性别差异不明显，有自身免疫性疾病相关基础病史者更易出现该症状。
癫痫发作：可表现为各种类型的癫痫发作，如全身性强直-阵挛发作（表现为突然意识丧失、四肢抽搐、口吐白沫等）、部分性发作（包括简单部分性发作和复杂部分性发作，简单部分性发作可表现为身体某一局部不自主抽动等，复杂部分性发作可能出现意识模糊、自动症等）。不同年龄患者癫痫发作表现可能有所不同，儿童癫痫发作有时可能不典型，女性在月经周期等特殊时期可能因激素变化等因素影响癫痫发作频率，有脑部基础病变或自身免疫性疾病相关病理基础的人群更易发生癫痫发作。
意识障碍：轻的可表现为嗜睡，患者睡眠时间明显增多，呼唤能睁眼但反应较迟钝；重的可出现昏迷，患者对任何刺激均无反应。不同年龄患者意识障碍程度表现有差异，儿童意识障碍变化可能更迅速，性别因素一般不直接影响意识障碍的发生，有自身免疫性脑炎相关严重神经病理改变的患者更易出现意识障碍。
自主神经功能紊乱：可出现多汗、发热、心动过速、血压波动等表现。比如患者莫名其妙出汗较多，体温可能出现异常波动，心率比正常情况增快等，不同年龄、性别患者均可出现，自身免疫反应累及自主神经相关调节区域时易引发该症状，有自身免疫性疾病病史者更易出现自主神经功能紊乱表现。
