新生儿缺钙有神经肌肉兴奋性增高表现，如易惊、夜啼；有骨骼系统表现，包括颅骨改变（颅骨软化等）、前囟增大及闭合延迟、其他骨骼改变（方颅等）；还有其他表现，如植物神经功能紊乱（多汗）、肌肉运动异常（严重时喉痉挛），早产儿、低出生体重儿等易出现相关表现，有母亲孕期缺钙史等情况的新生儿也易有相应表现。
骨骼系统表现
颅骨改变：可出现颅骨软化，多见于3-6个月以内的婴儿，但新生儿也可能有一定表现，在顶骨或枕骨中央，用手指按压时有乒乓球样的感觉。这是因为缺钙影响了颅骨的骨化过程，导致颅骨质地变软。
前囟增大及闭合延迟：正常新生儿前囟约1-2cm，出生后随着颅骨生长而增大，6个月后逐渐骨化而变小，1-1.5岁闭合。缺钙的新生儿前囟可能增大，且闭合时间延迟，这与钙参与骨骼的发育成熟有关，钙不足影响了颅骨的正常骨化进程，使得前囟闭合时间延长，对于有母亲孕期缺钙史的新生儿这种情况更易发生。
其他骨骼改变：可能出现方颅、肋骨串珠、手镯或脚镯样改变等，但新生儿时期相对不典型，不过也可能有肋骨软化，出现肋软骨串珠样突起，在胸廓部位可触及类似珠子的结构，这是由于钙缺乏影响了肋骨的正常发育，导致肋骨局部异常隆起。
其他表现
植物神经功能紊乱：新生儿缺钙还可能出现多汗的情况，尤其是头部，与室温无关，因为血钙降低会刺激植物神经，导致汗腺分泌增加。这在夜间睡眠时更为明显，出汗后头皮受到刺激，又会加重婴儿的不适，进一步影响睡眠，形成恶性循环，对于出生后环境温度适中但仍多汗的新生儿需考虑缺钙可能，特别是有母乳喂养但母亲钙摄入不足的情况。
肌肉运动异常：严重缺钙时可能出现喉痉挛，表现为喉部肌肉痉挛，出现呼吸困难、吸气时喉鸣音等，这是比较危急的情况，由于喉部肌肉痉挛会影响呼吸，需要立即就医处理，这种情况在早产儿、低出生体重儿中相对更易发生，因为其钙储备相对较少，出生后生长发育快，对钙的需求增加，若补充不及时易出现严重缺钙表现。
