脑炎后遗症可引发多种问题，包括运动功能障碍致肢体无力影响生长发育或日常生活自理；认知障碍致记忆力、注意力、计算力下降影响儿童学习和成年人工作；语言障碍致说话不清或失语影响儿童社交和成年人沟通；癫痫发作致突然抽搐等影响儿童大脑发育和成年人生活安全；精神行为异常致情绪不稳定、行为异常影响儿童人际关系和成年人生活质量。
认知障碍
患者可能出现认知方面的异常，例如记忆力减退，难以记住近期发生的事情；注意力不集中，很难长时间专注于某件事情；还有可能出现计算力下降，对简单的数学运算都感到困难。脑炎导致大脑的记忆、注意、思维等认知相关区域受损，从而引发这些认知障碍。儿童患者如果存在认知障碍，会影响学习能力，导致学业成绩下降；成年人则会影响工作能力，难以胜任原本的工作任务。
语言障碍
部分脑炎后遗症患者会有语言障碍，表现为说话不清，构音困难，或者出现失语症，比如不能理解别人的话语含义（感觉性失语），或者能听懂但自己无法表达（运动性失语）等。这是由于脑炎损伤了大脑中与语言功能相关的区域，如布洛卡区、韦尼克区等。儿童患者语言障碍会影响其与外界的正常交流，阻碍社交能力的发展；成年人则会严重影响日常的沟通交流，给生活和工作带来诸多不便。
癫痫发作
脑炎后遗症还可能引发癫痫，患者会出现突然的抽搐、意识丧失等症状。这是因为脑炎导致大脑神经元异常放电，当异常放电达到一定程度时就会引发癫痫发作。对于儿童癫痫患者，需要特别注意避免诱发因素，如保证充足睡眠、避免过度疲劳等，因为儿童正处于生长发育阶段，频繁的癫痫发作可能会影响大脑的进一步发育；成年人癫痫发作则可能会影响其日常生活安全，比如在驾驶、操作机械等情况下发作可能会导致危险。
精神行为异常
一些患者会出现精神行为方面的改变，比如情绪不稳定，容易激动、暴躁或者抑郁；还可能出现异常的行为，如胡言乱语、重复刻板动作等。这是因为脑炎影响了大脑的情绪调节和行为控制相关区域。儿童患者精神行为异常可能会影响其在学校和家庭中的人际关系；成年人则会影响其正常的社会交往和生活质量。
