天生子宫内膜薄可能由遗传因素、内分泌因素、子宫发育异常及胚胎时期医源性因素导致，遗传因素或致基因异常影响子宫内膜发育；内分泌因素中雌激素等水平异常会干扰其增生；子宫发育异常包括畸形及血管发育异常影响内膜形成；胚胎时期受有害物质等影响也可能间接致内膜薄。
内分泌因素
1.雌激素水平异常：雌激素对子宫内膜的生长和修复起着关键作用。在胚胎发育及出生后的生殖系统发育过程中，如果体内雌激素分泌不足，会影响子宫内膜的正常增生。例如，先天性卵巢功能异常导致雌激素合成减少，从子宫发育阶段开始就使得子宫内膜无法达到正常的厚度。女性在不同生理阶段，如青春期时，雌激素分泌不足会影响子宫内膜的正常发育，进而可能表现为天生子宫内膜薄。
2.其他激素失衡：除雌激素外，孕激素等其他激素的失衡也可能参与其中。孕激素与雌激素相互协同调节子宫内膜的状态，若先天性存在孕激素相关的激素合成或作用异常，会干扰子宫内膜的正常发育进程，导致子宫内膜薄。
子宫发育异常
1.先天性子宫畸形：如先天性无子宫、始基子宫、子宫发育不良等情况，都会影响子宫内膜的正常形成。始基子宫体积很小，往往没有宫腔或仅有实质组织，这样的子宫内无法形成正常厚度的子宫内膜。在胚胎发育过程中，生殖系统发育出现异常，导致子宫结构异常，进而引起子宫内膜薄。不同性别中，先天性子宫畸形是导致天生子宫内膜薄的重要结构性因素，女性若存在此类子宫发育异常，几乎必然会伴随子宫内膜薄的情况。
2.子宫血管发育异常：子宫的血液供应对于子宫内膜的生长至关重要。先天性的子宫血管发育异常，如血管数量不足、血管分布不均等，会使子宫内膜得不到充足的血液供应，影响其正常发育，导致子宫内膜薄。从胚胎时期血管发育阶段就出现问题，使得子宫血管无法为子宫内膜提供良好的营养支持，从而造成天生子宫内膜薄的状况。
医源性因素（胚胎时期相关）
在胚胎发育早期，如果受到一些不利因素影响，可能间接导致子宫内膜薄。例如，母亲在孕期接触某些有害物质，如放射性物质、某些致畸药物等，可能干扰胚胎生殖系统的正常发育，包括影响子宫内膜的形成。虽然这种情况相对较少见，但从胚胎时期的外部因素影响角度，也可能是天生子宫内膜薄的潜在原因之一。不同性别中，胚胎时期受到外界不良因素干扰都可能引发子宫内膜薄的先天性问题，女性胚胎在发育过程中若遭遇此类情况，就可能出现天生子宫内膜薄。
