脑炎后遗症可引发多种问题，包括运动功能障碍致肢体无力影响不同人群活动；认知障碍表现为记忆力减退和注意力不集中；语言障碍有表达困难和理解障碍；精神行为异常可出现情绪波动和行为异常；还易导致癫痫发作及智能减退。
认知障碍
记忆力减退：患者可能难以记住新近发生的事情，例如刚说过的话、刚做过的事等，这是由于脑炎损伤了大脑中与记忆相关的脑区，如海马体等结构，影响了记忆的存储和提取功能。儿童患者若出现认知障碍，会影响其学习能力，导致学业成绩下降；成年人则会影响工作和生活中的记忆相关事务处理。
注意力不集中：患者很难长时间保持注意力专注在某件事情上，容易分散注意力，这与大脑的认知控制功能受损有关，大脑无法有效地筛选和维持对相关信息的关注，进而影响学习、工作等活动的进行。
语言障碍
表达困难：患者可能出现说话不流利，难以清晰表达自己的想法和意愿，表现为找词困难、语句组织不顺畅等，这是因为语言中枢受到脑炎影响，导致语言表达功能出现障碍。儿童患者若语言发育阶段受到脑炎影响出现语言障碍，会影响其与外界的沟通交流；成年人则会影响正常的社交和工作中的沟通。
理解障碍：患者可能无法正确理解他人的话语含义，对语言的理解出现偏差，这是大脑对语言信息的处理和解读功能受损所致，影响了正常的语言交流互动。
精神行为异常
情绪波动：患者可能出现情绪不稳定，容易激动、烦躁，或者情绪低落、抑郁等，这是由于脑炎影响了大脑中的神经递质平衡，如多巴胺、血清素等神经递质的异常，导致情绪调节功能失调。儿童患者情绪波动可能表现为莫名的哭闹、情绪突然转变等；成年人则可能出现长期的情绪低落，影响生活质量。
行为异常：部分患者可能出现异常的行为，如重复刻板动作、无目的的wandering等，这是大脑的神经功能紊乱，导致行为控制和调节功能出现问题。
癫痫发作
脑炎后遗症中癫痫发作较为常见，患者会出现突然的抽搐、意识丧失等症状，这是因为脑炎导致大脑神经元异常放电，引起脑部神经功能的紊乱，从而引发癫痫发作。儿童患者癫痫发作可能会影响其身体发育和智力发展，需要特别关注和及时治疗；成年人癫痫发作则会影响其日常生活和工作，甚至存在安全隐患。
智能减退
随着病情的发展，部分患者可能出现智能逐渐减退的情况，表现为对周围事物的认知能力下降，学习和适应新事物的能力变弱，整体智力水平较患病前明显降低，这是大脑的广泛损伤导致智能相关的脑功能全面受损的结果。
