新生儿黄疸的原因包括胆红素生成过多（如红细胞增多症、血管外溶血、同族免疫性溶血、感染、肠肝循环增加等）、肝脏胆红素代谢障碍（如肝细胞摄取胆红素能力低下、肝脏结合胆红素功能差、肝脏排泄结合胆红素功能缺陷等）、胆汁排泄障碍（如新生儿肝炎、先天性代谢缺陷病、胆管阻塞等）。
红细胞增多症：常见于母-胎或胎-胎间输血、分娩过程中产程过长等情况，过多的红细胞被破坏，导致胆红素生成增加。例如，有资料显示，红细胞增多症患儿体内红细胞数量异常增多，其破坏后产生的胆红素量显著高于正常新生儿。
血管外溶血：如新生儿头颅血肿、皮下血肿、颅内出血等，血液中的红细胞从血管内渗出到血管外，被单核-巨噬细胞系统吞噬破坏，从而使胆红素生成增多。
同族免疫性溶血：多见于母婴血型不合，如母亲血型为O型，胎儿血型为A型或B型等情况。母亲体内的抗体通过胎盘进入胎儿体内，破坏胎儿红细胞，引发溶血，导致胆红素生成过多。据统计，ABO血型不合引起的溶血在新生儿同族免疫性溶血中较为常见。
感染：细菌、病毒等病原体感染可导致新生儿出现溶血，进而使胆红素生成增加。例如，新生儿败血症时，病原体产生的毒素等可破坏红细胞，使胆红素生成增多。
肠肝循环增加：新生儿肠道内β-葡萄糖醛酸苷酶活性较高，可将结合胆红素水解成未结合胆红素，又被肠道重吸收进入血循环，使肠肝循环增加，血中未结合胆红素水平升高。
肝脏胆红素代谢障碍
肝细胞摄取胆红素能力低下：新生儿出生时肝细胞内Y、Z蛋白含量低，生后1-2周才达到正常水平，导致肝细胞摄取胆红素的能力不足，使未结合胆红素在血中潴留。
肝脏结合胆红素功能差：肝细胞内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶（UGT）含量低且活性不足，不能将未结合胆红素充分结合成结合胆红素，从而影响胆红素的代谢。早产儿中该酶的活性更低，因此早产儿更容易出现黄疸。
肝脏排泄结合胆红素功能缺陷：某些新生儿存在肝脏排泄结合胆红素的功能障碍，可导致结合胆红素在体内潴留，进而引起黄疸。
胆汁排泄障碍
新生儿肝炎：多由病毒感染引起，如乙型肝炎病毒、巨细胞病毒等，可导致肝细胞受损，肝脏对胆红素的代谢和排泄功能发生障碍，使胆红素在体内积聚。
先天性代谢缺陷病：如α1-抗胰蛋白酶缺乏症等，可影响胆红素的代谢途径，导致胆汁排泄障碍，引发黄疸。
胆管阻塞：先天性胆道闭锁是导致新生儿胆汁排泄障碍的常见原因，可分为肝内胆管闭锁和肝外胆管闭锁，胆管阻塞使得结合胆红素不能正常排泄到肠道，从而引起黄疸。
