导致拉肚子的原因包括个体差异致肠道不适应，如肠道敏感人群、儿童易因肠道未适应外来菌群而拉肚子；益生菌质量或服用方式问题，质量不过关如菌株活性不足等、服用方式不当如水温不适会引发拉肚子；肠道原有菌群失衡加重，补充益生菌打破原有平衡致短期失衡加重，有基础肠道病史者更易因补充益生菌致拉肚子加重。
一、个体差异导致肠道不适应
不同人群的肠道菌群状态存在差异，部分人群肠道较为敏感，当摄入益生菌时，肠道需要一定时间来适应外来的微生物菌群。例如，一些原本肠道菌群相对稳定的人群，突然补充益生菌，肠道可能在短时间内出现应激反应，表现为拉肚子。这种情况在年龄较小的儿童中可能更为明显，因为儿童的肠道发育尚不完善，对外来菌群的调节能力相对较弱。对于婴幼儿来说，肠道菌群处于建立和完善阶段，补充益生菌时更易出现肠道的适应性变化而导致拉肚子。
二、益生菌质量或服用方式问题
1.益生菌质量因素
若益生菌产品质量不过关，比如益生菌菌株活性不足或受到污染等情况。一些不合格的益生菌产品，其中的益生菌在生产、储存或运输过程中失去活性，当服用这样的产品时，无法正常发挥调节肠道菌群的作用，反而可能引起肠道功能紊乱，出现拉肚子现象。对于老年人，其身体机能相对较弱，对产品质量的耐受能力较差，更易受不合格益生菌产品的影响。
另外，不同的益生菌菌株有不同的适应人群和作用机制，若选用了不适合自身肠道状况的菌株类型，也可能导致拉肚子。例如，某些针对肠道特定问题的益生菌菌株，对于肠道基础状况不同的人群，效果和反应不同，不匹配的菌株使用就可能引发肠道不适。
2.服用方式因素
服用益生菌时的温度不适宜也可能导致拉肚子。例如，用过热的水冲服益生菌，会使益生菌中的活性成分失活，从而不能发挥正常的调节肠道菌群的功能，肠道无法适应这种无效的“益生菌”摄入，进而出现拉肚子情况。对于生活方式不规律的人群，可能在服用益生菌时不太注意水温等服用细节，增加了拉肚子的风险。
三、肠道原有菌群失衡加重
当摄入益生菌时，可能会暂时打破肠道原有菌群的平衡状态。肠道内的原有菌群在长期的相互作用中维持着相对稳定的生态环境，补充外来益生菌后，肠道菌群需要重新调整适应，在这个调整过程中，可能会出现短期的菌群失衡加重情况，表现为拉肚子。对于有基础肠道病史的人群，如患有肠炎等肠道疾病的患者，其肠道菌群本身就处于失衡状态，补充益生菌时更易引发肠道的过度反应，导致拉肚子症状加重。比如，本身患有慢性肠炎的患者，肠道黏膜已经存在一定损伤，补充益生菌后肠道菌群的波动可能进一步刺激肠道黏膜，引起拉肚子。
