新生儿黄疸的病因主要包括胆红素生成过多、肝脏胆红素代谢障碍、胆汁排泄障碍三方面。胆红素生成过多可由红细胞增多症、血管外溶血、同族免疫性溶血、感染、肠肝循环增加等引起；肝脏胆红素代谢障碍包括肝细胞摄取胆红素能力低下、肝脏结合胆红素功能低下、肝脏排泄结合胆红素障碍等因素；胆汁排泄障碍涉及新生儿肝炎、先天性代谢缺陷病、先天性胆道闭锁等情况，不同病因所占新生儿黄疸病因比例各异。
一、胆红素生成过多
1.红细胞增多症：常见于分娩过程中胎盘血管畸形、脐带结扎延迟等情况，致使胎儿体内红细胞数量增多，后续红细胞破坏就会产生大量胆红素，如研究显示约有10%-15%的新生儿黄疸是由红细胞增多症引发。
2.血管外溶血：胎儿头颅血肿、皮下血肿等情况可导致血管外溶血，使得胆红素生成增加，此类情况约占新生儿黄疸病因的5%-10%。
3.同族免疫性溶血：主要是母婴血型不合引起，如ABO血型不合或Rh血型不合等，我国以ABO血型不合较为多见，大约占新生儿溶血病的85.3%，这种情况会使得胎儿红细胞大量破坏，胆红素生成显著增多。
4.感染：细菌、病毒等病原体感染可导致新生儿出现败血症等感染性疾病，影响红细胞的正常代谢，加速红细胞破坏，从而使胆红素生成过多，有研究表明约10%-15%的新生儿黄疸与感染相关。
5.肠肝循环增加：新生儿肠道内β-葡萄糖醛酸苷酶活性较高，可将结合胆红素水解为未结合胆红素，加之新生儿肠道相对无菌，导致未结合胆红素的肠肝循环增加，使血中胆红素水平升高，约占新生儿黄疸病因的5%左右。
二、肝脏胆红素代谢障碍
1.肝细胞摄取胆红素能力低下：出生时新生儿肝脏内Y、Z蛋白含量低，通常在出生后5-10天才达到成人水平，这就使得新生儿摄取胆红素的能力较弱，约有20%-30%的新生儿黄疸与此因素有关。
2.肝脏结合胆红素功能低下：尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶（UGT）是催化未结合胆红素转化为结合胆红素的关键酶，新生儿肝脏中UGT含量低且活性不足，一般要到出生后1周左右才逐渐成熟，约有30%-40%的新生儿黄疸是因为肝脏结合胆红素功能低下导致。
3.肝脏排泄结合胆红素障碍：新生儿肝脏排泄结合胆红素的功能相对不完善，可能导致结合胆红素在肝脏内淤积，进而引起血中胆红素水平升高，约占新生儿黄疸病因的5%-10%。
三、胆汁排泄障碍
1.新生儿肝炎：多由病毒感染引起，如乙型肝炎病毒、巨细胞病毒等，病毒感染可损伤肝细胞，影响胆汁排泄，约占新生儿黄疸病因的5%-10%。
2.先天性代谢缺陷病：如α1-抗胰蛋白酶缺乏症等，可导致肝细胞内胆汁排泄障碍，从而引发新生儿黄疸，此类情况相对较少见，但一旦发生危害较大。
3.先天性胆道闭锁：是导致新生儿胆汁排泄障碍的重要原因之一，多在出生后2周左右出现黄疸并进行性加重，若不及时治疗，可发展为肝硬化甚至危及生命，约占新生儿黄疸病因的5%-10%。
