自身免疫性脑炎可引发精神行为异常、认知功能障碍、癫痫发作、意识障碍、自主神经功能紊乱、运动功能障碍等多种表现，不同年龄、性别患者均可受累，且各表现有其相应特点及影响，如儿童患者表现可能更不典型、老年人恢复可能更困难等。
认知功能障碍
患者会有不同程度的认知功能障碍，包括记忆力减退、注意力不集中、计算力下降等。记忆力方面，可能表现为近期记忆力明显下降，忘记刚刚发生的事情、刚说过的话等。注意力不集中则表现为难以长时间专注于某一事物，在儿童患者中，可能会影响其学习能力，导致学业成绩下降；成年人则可能在工作中出现效率降低等情况，这与自身免疫反应对大脑海马等与记忆、认知相关脑区的损害有关，不同年龄人群均可受累，无明显性别差异。
癫痫发作
约半数以上自身免疫性脑炎患者会出现癫痫发作，发作形式多样，可为全面性发作或部分性发作等。例如全面性强直-阵挛发作，表现为突然意识丧失、四肢抽搐、口吐白沫等；部分性发作可能表现为局部肢体的抽搐等。癫痫发作的机制与自身免疫导致大脑神经元兴奋性异常增高有关，各年龄、性别均可发生，儿童患者癫痫发作可能更频繁，且由于儿童神经系统发育特点，发作表现可能与成人有所不同，如可能出现失神发作等相对少见的发作形式。
意识障碍
部分患者会出现不同程度的意识障碍，从轻度的意识模糊到重度的昏迷均可出现。意识模糊时患者对自身及周围环境的认识能力减退，注意力不集中；重度昏迷时患者完全丧失意识，对各种刺激均无反应。意识障碍的发生与自身免疫性脑炎导致大脑广泛的神经功能损害有关，年龄较小的儿童由于大脑代偿能力相对较弱，意识障碍可能出现得更早、更严重，而老年人可能在原有基础疾病的情况下，意识障碍恢复相对困难，不同性别患者在意识障碍发生上无明显差异，但老年人等特殊人群需密切关注其生命体征及意识变化情况。
自主神经功能紊乱
患者可出现自主神经功能紊乱的表现，如发热、多汗、心动过速、血压异常等。发热可能是由于自身免疫反应引起的炎性介质释放导致体温调节中枢功能紊乱所致；多汗表现为异常的出汗增多；心动过速则是自主神经对心脏调节失衡的表现。不同年龄、性别患者均可出现自主神经功能紊乱症状，儿童患者自主神经功能相对不稳定，可能在发热等自主神经紊乱表现上更易波动，老年人则需注意自主神经功能紊乱可能导致的血压波动等情况对心脑血管的影响。
运动功能障碍
部分患者会出现运动功能障碍，如肌张力异常（增高或降低）、肢体无力、共济失调等。肌张力异常可表现为肢体僵硬（肌张力增高）或松软（肌张力降低）；肢体无力可影响患者的行走、持物等能力；共济失调表现为平衡障碍、步态不稳、动作不协调等。运动功能障碍的发生与自身免疫反应累及锥体系、锥体外系等运动相关脑区及神经通路有关，不同年龄人群均可出现，儿童患者运动功能障碍可能影响其生长发育及运动技能的发展，需要进行早期的康复评估与干预，成年人则可能影响其日常生活及工作能力。
