新生儿黄疸的原因主要包括胆红素生成过多、肝脏胆红素代谢障碍、胆汁排泄障碍三方面。胆红素生成过多可由红细胞增多症、血管外溶血、同族免疫性溶血、感染、肠肝循环增加等引起；肝脏胆红素代谢障碍包括肝细胞摄取胆红素能力低下、结合胆红素功能低下、排泄结合胆红素障碍；胆汁排泄障碍有新生儿肝炎、先天性胆道闭锁等导致。
一、胆红素生成过多
1.红细胞增多症：多见于有宫内窘迫、胎盘及脐带畸形等情况的新生儿，由于红细胞数量增多，破坏后产生的胆红素也相应增加。正常新生儿出生时红细胞数较多，生后部分红细胞破坏，胆红素生成增加，若红细胞增多，这种生成会进一步增多。
2.血管外溶血：如头颅血肿、皮下血肿、颅内出血等，使大量红细胞破坏，胆红素产生增加。例如头颅血肿，血液积聚在局部，红细胞破裂，血红蛋白释放，代谢为胆红素。
3.同族免疫性溶血：常见于母婴血型不合，如母亲为O型血，胎儿为A型或B型血，母亲体内的抗体通过胎盘进入胎儿体内，引起胎儿红细胞破坏，胆红素生成增多。ABO血型不合较为常见，其发病机制是母亲抗体与胎儿红细胞抗原结合，激活补体系统，导致红细胞破坏。
4.感染：细菌、病毒等感染可导致新生儿出现黄疸，如败血症等。感染时，病原体可释放毒素，一方面抑制肝细胞葡萄糖醛酸转移酶的活性，另一方面使红细胞破坏增加，胆红素生成增多。例如金黄色葡萄球菌感染，可引发一系列炎症反应，影响胆红素的代谢过程。
5.肠肝循环增加：新生儿肠道内正常菌群尚未建立，导致结合胆红素排出减少，又被肠道细菌分解成未结合胆红素重新吸收，使肠肝循环增加，血中未结合胆红素升高。正常情况下，结合胆红素随胆汁排入肠道，经肠道细菌作用后变为尿胆原等排出体外，而新生儿肠道菌群少，此过程受影响。
二、肝脏胆红素代谢障碍
1.肝细胞摄取胆红素能力低下：某些因素可影响肝细胞对胆红素的摄取，如新生儿窒息、缺氧等，可导致肝细胞摄取胆红素的功能受抑制。新生儿出生后需要尽快建立正常的呼吸和循环，若出现窒息等情况，会影响肝脏的正常代谢功能。
2.肝细胞结合胆红素功能低下：葡萄糖醛酸转移酶是将未结合胆红素转化为结合胆红素的关键酶，新生儿出生时该酶活性低下，且受多种因素影响，如早产儿、某些药物（如磺胺类药物）等，都会导致结合胆红素生成减少。早产儿的肝脏发育相对不成熟，葡萄糖醛酸转移酶的含量和活性都低于足月儿。
3.肝细胞排泄结合胆红素障碍：一些疾病或因素可导致肝细胞排泄结合胆红素的功能出现问题，如新生儿肝炎综合征，肝细胞受损，影响胆红素的排泄。新生儿肝炎综合征可能由病毒感染等多种原因引起，导致肝细胞结构和功能异常，胆红素排泄受阻。
三、胆汁排泄障碍
1.新生儿肝炎：多由病毒感染引起，如乙肝病毒、巨细胞病毒等，病毒侵犯肝细胞，导致肝细胞受损，胆管阻塞，胆汁排泄障碍，胆红素反流入血。例如巨细胞病毒感染新生儿，可在肝脏内大量复制，引起肝细胞炎症和坏死，影响胆汁的正常排泄。
2.先天性胆道闭锁：病因尚不明确，可能与胚胎发育异常、病毒感染等有关，胆道闭锁导致胆汁无法正常排出，结合胆红素反流入血，引起黄疸。先天性胆道闭锁是一种严重的疾病，会导致胆汁淤积，进而引起胆红素升高。
