肛瘘主要由肛周脓肿未及时或规范治疗、结核杆菌感染、克罗恩病等炎症性肠病、长期糖尿病等基础疾病导致的局部感染控制不佳，以及肛门外伤或手术损伤后愈合不良等因素引起。
肛周脓肿继发感染：肛周脓肿是肛瘘最主要的病因，约占肛瘘形成原因的80%以上。脓肿自行破溃或切开引流后，若内口未彻底处理，感染可能持续存在，形成肛瘘的慢性感染通道。糖尿病患者因血糖控制不佳，感染易扩散且愈合困难，增加肛瘘风险。
特异性感染因素：结核杆菌感染可引发肛周特异性炎症，形成肛瘘。此类肛瘘病程较长，症状相对隐匿，需结合抗结核治疗。此外，溃疡性结肠炎、克罗恩病等炎症性肠病患者，肠道炎症累及肛周时，也可能形成肛瘘。
医源性或外伤性因素：肛门直肠手术（如内痔手术、肛瘘手术）操作不当，或肛门外伤（如锐器损伤、异物损伤）后，局部组织愈合不良，可能形成肛瘘。新生儿肛周皮肤娇嫩，护理不当引发感染时，也可能增加肛瘘风险。
特殊人群注意事项：糖尿病患者应严格控制血糖，定期监测，避免因免疫力低下导致感染扩散。婴幼儿肛瘘多与先天性发育异常或肛周感染有关，家长需注意保持肛周清洁，及时就医。老年人因血管硬化、愈合能力下降，肛瘘治疗后复发率相对较高，需加强术后护理。
