肛瘘主要由肛周感染（如肛周脓肿未彻底治疗）、克罗恩病等肠道疾病、长期便秘或腹泻导致的肛门反复损伤、糖尿病等基础疾病影响愈合，以及手术或外伤后局部组织修复不良等原因引起。
肛周感染未及时控制：肛周脓肿若未得到彻底治疗，脓液引流不畅，感染可能向肛门周围组织扩散，形成肛瘘。这种情况在免疫力正常的人群中较为常见，尤其是婴幼儿和青少年，因肛周皮肤娇嫩，感染易扩散。
基础疾病影响愈合：糖尿病患者或长期使用免疫抑制剂的人群，因伤口愈合能力下降，肛周感染后更易形成肛瘘。老年患者若合并血管疾病，血液循环差，也会增加肛瘘发生风险。
局部损伤与慢性刺激：长期便秘或腹泻导致肛门反复机械性损伤，或长期饮酒、辛辣饮食等刺激性因素，可诱发肛周慢性炎症，逐渐发展为肛瘘。从事久坐、久站等职业的人群，因肛门局部血液循环不畅，也需注意预防。
先天性或后天性结构异常：少数婴幼儿因先天性肛门直肠发育异常，可能在出生后不久出现肛瘘；肛门外伤或手术史也可能破坏局部组织正常结构，增加肛瘘发生概率。
特殊人群需注意：糖尿病患者应严格控制血糖，避免肛周感染；婴幼儿肛瘘若反复发作，需尽早到正规医疗机构就诊，明确诊断后及时干预，避免影响肛门功能发育。日常保持肛周清洁干燥，避免久坐，减少辛辣刺激饮食，有助于降低肛瘘风险。
