肛瘘表现为肛周反复有脓性或血性分泌物流出且量随类型病情而异并可致瘙痒，外口暂闭脓液积聚时局部有胀痛等肿痛且易复发，分泌物刺激致肛周瘙痒抓痕破溃夜甚，急性感染发作可伴发热，儿童症状隐匿需家长留意，老年因抵抗力弱易反复且恢复较慢。
一、肛周反复流脓
肛瘘患者肛周皮肤可见固定的溃口，会间断或持续流出脓性、血性分泌物，分泌物的量与肛瘘类型及病情轻重相关，单纯性肛瘘分泌物相对较少，复杂性肛瘘分泌物通常较多且性状复杂，分泌物长期刺激肛周皮肤可引发瘙痒等不适。
二、肿痛
当肛瘘外口暂时闭合，脓液积聚时，会出现局部肿痛，疼痛程度不一，可为胀痛、跳痛等，脓肿破溃或切开引流后疼痛可暂时缓解，但易复发再次出现肿痛，该症状各年龄段、各性别均可发生，久坐、局部卫生不佳等生活方式可能增加肿痛发作风险，有肛周感染病史者更易出现。
三、瘙痒
肛瘘流出的分泌物持续刺激肛周皮肤，可致患者肛周皮肤瘙痒，皮肤常因搔抓出现抓痕、破溃等，长期瘙痒会影响生活质量，夜间瘙痒感可能更明显，各年龄阶段及性别患者均可能出现，不注意肛周清洁等不良生活习惯会加重瘙痒。
四、其他表现
部分患者肛瘘出现急性感染发作时可伴有发热等全身症状，儿童患肛瘘时症状相对隐匿，需家长密切观察肛周情况；老年患者因机体抵抗力相对较弱，肛瘘症状易反复且恢复相对较慢。
