肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，症状有流脓（外口间断或持续流少量脓性等分泌物，新瘘管流脓多，久瘘管流脓少或时有时无，脓液突增提示有新瘘管）、肿痛（一般不痛，感染或流脓不畅时肿痛，内瘘有直肠下部等灼热不适且排粪时痛加重）、瘙痒（脓液刺激致肛周瘙痒、潮湿，皮肤呈湿疹样）、全身症状（复杂或反复发作时消瘦等，结核性肛瘘有低热等），不同人群症状有差异。
流脓：是常见症状，肛瘘外口会间断或持续流出少量脓性、血性、黏液性分泌物。分泌物的多少与肛瘘的病程长短、复杂性等有关。新生成的肛瘘流脓较多，脓汁黏稠，黄色、有臭味；时间长久的瘘管流脓较少，或时有时无，呈白色，质稀淡；若脓液突然增多，则表示有新瘘管形成。
肿痛：一般不痛，仅感觉局部发胀和不适，行走时加重。当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，可引起疼痛。内瘘时常感到直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时疼痛加重。
瘙痒：由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤可出现湿疹样改变。
全身症状：复杂肛瘘或肛瘘反复发作时，可出现消瘦、贫血、便秘、排便困难等全身症状。如为结核性肛瘘，可有低热、盗汗、消瘦等症状。
不同年龄、性别、生活方式及病史的人群，肛瘘症状可能有一定差异。例如，儿童肛瘘可能因肛瘘管道相对较浅，症状相对较局限，但也可能出现流脓、肿痛等表现；女性肛瘘患者在经期等特殊时期，症状可能因身体激素变化等因素稍有不同；长期久坐、不注意肛周卫生的人群，肛瘘症状可能更易反复发作且症状相对明显；有肠道结核病史等基础疾病的人群，肛瘘可能与基础疾病相关，症状表现可能更复杂。
