甲亢对机体多系统有显著影响，对代谢系统可致代谢率增高、影响糖脂代谢及儿童孕妇发育；对心血管系统会使心率加快、引发心律失常等，加重基础心血管病患者病情；对神经系统致兴奋性增高，影响不同人群生活工作；对消化系统致胃肠蠕动加快、大便次数增多及营养吸收障碍；对内分泌系统可致女性月经紊乱、男性性欲减退等，还影响垂体-甲状腺轴调节。
对心血管系统的影响
甲亢会作用于心脏，使心率加快，患者常自觉心慌、心悸，严重时可出现心律失常，如房颤等。长期的甲亢性心脏病还可能导致心脏扩大、心力衰竭。在性别方面，女性相对男性可能更容易出现甲亢相关的心血管并发症。对于有基础心血管疾病的患者，甲亢会进一步加重心脏的负担，使病情恶化风险增加。例如本身有冠心病的患者，甲亢可能诱发心绞痛等。
对神经系统的影响
患者会出现神经系统兴奋性增高的表现，如烦躁不安、易激动、失眠等。儿童甲亢时，可能表现为注意力不集中、学习成绩下降等。而老年人甲亢时，神经系统症状可能相对不典型，易被忽视，但也可能出现情绪淡漠等情况。神经系统的这些异常会影响患者的日常生活和工作，降低生活质量，对于从事需要高度集中注意力工作的人群影响更为明显。
对消化系统的影响
甲亢会使胃肠蠕动加快，患者出现大便次数增多的情况，严重时可能导致腹泻。长期的胃肠功能紊乱会影响营养物质的吸收，进一步加重患者的营养不良状况。儿童患者消化系统功能本身尚未完全成熟，甲亢对其消化功能的影响可能更为显著，导致营养吸收障碍，影响生长发育所需营养的获取。
对内分泌系统的其他影响
对于女性患者，甲亢可能导致月经紊乱，如月经量减少、周期不规律等；男性患者可能出现性欲减退、阳痿等。在妊娠期，甲亢还可能影响母体的甲状腺激素水平，进而影响胎儿的甲状腺功能发育等。同时，甲亢还可能影响垂体-甲状腺轴的调节机制，导致垂体促甲状腺激素分泌异常等。
