肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，其症状包括流脓（新生瘘管流脓多，低位肛瘘流脓多，高位肛瘘流脓少，有时有气体或粪便排出）、肿痛（脓液积存引流不畅时胀痛、压痛，急性感染时红肿热痛伴全身感染症状）、瘙痒（脓液刺激致肛周瘙痒、皮肤变色等）、排便困难（蹄铁型肛瘘因瘘管影响肛门舒张致排便困难）及全身症状（复杂性和结核性肛瘘可致消瘦、贫血等，继发感染再发脓肿时出现脓肿症状），不同人群肛瘘症状可能有差异。
流脓：是常见症状，脓液多少与瘘管长短、多少有关，新生瘘管流脓较多，分泌物刺激皮肤而瘙痒不适，当外口阻塞或假性愈合，瘘管内脓液积存，局部肿胀疼痛，甚至发热，以后封闭的外口破溃，又排出脓液，有时可排出气体或粪便。一般来说，低位肛瘘流脓较多，高位肛瘘流脓较少，有时仅为稀薄的黏液。
肿痛：平时一般疼痛不明显，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，并有明显压痛，脓液引流后疼痛减轻。若瘘管急性感染，可出现局部红肿热痛，甚至发热等全身感染症状。
瘙痒：由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周皮肤常变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。
排便困难：多见于蹄铁型肛瘘，因瘘管围绕肛管，形成半环状纤维索环，影响肛门舒张，可出现排便困难。
全身症状：一般肛瘘常无全身症状，但复杂性肛瘘和结核性肛瘘，因病期长，有的带病数十年，常出现身体消瘦、贫血、便秘和排便困难等症状；如继发感染，再发脓肿时，则出现脓肿的症状。
不同年龄、性别、生活方式及病史的人群，肛瘘症状可能有一定差异。例如，儿童肛瘘可能症状相对不典型，且由于儿童表达能力有限，可能需要更细致观察；女性肛瘘患者在特殊生理期可能因局部环境变化使症状有所不同；长期久坐、不注意肛周卫生的人群，肛瘘症状可能更易出现且相对明显；有肠道结核病史等特殊病史的人群，肛瘘症状可能与单纯肛瘘有所不同，更容易出现结核性肛瘘相关表现。
