肛瘘有瘘外口流脓、肿痛、瘙痒及全身症状等表现，瘘外口流脓是主要症状，新瘘管形成时脓液增多，肿痛在瘘管感染等时出现，分泌物刺激致肛周瘙痒，反复发作成复杂性肛瘘或急性感染期有全身症状，儿童与成年患者表现有别需关注。
是肛瘘最主要的症状。脓液的多少因瘘管的长短、粗细而不同。新形成的肛瘘流脓较多，脓液黏稠、黄色、有臭味；时间较久的瘘管流脓较少，或时有时无，脓液较稀薄，若脓液突然增多，提示有新瘘管形成。瘘外口可间断或持续流出少量脓性、血性、黏液性分泌物。
对于儿童患者，由于其表达能力相对较弱，家长需密切观察孩子肛周是否有异常分泌物，若发现孩子肛周反复有分泌物渗出，需警惕肛瘘可能。而对于成年患者，自身能感知到肛周有异常分泌物排出，应及时就医。
肿痛
一般情况下肛瘘常无疼痛，当瘘管通畅时，患者仅感觉局部发胀不适。但当瘘管感染、脓液引流不畅时，可出现局部肿痛。若脓液穿破管壁，炎症减轻，肿痛会随之缓解。如果外口暂时封闭，脓液积存，可出现局部明显肿痛，伴有发热、寒战等全身症状。
儿童肛瘘患者由于对疼痛的耐受和表达与成人不同，可能表现为哭闹不安、搔抓肛周等异常行为。成年患者则能明确表述肛周的肿痛感，当出现肿痛加重伴发热等情况时，更需及时处理。
瘙痒
由于肛瘘外口流出的分泌物刺激肛周皮肤，患者常感肛周皮肤瘙痒，可出现肛周皮肤湿疹样改变，表现为肛周皮肤潮湿、发红、有丘疹等。
儿童肛瘘患者肛周皮肤娇嫩，分泌物刺激更易引起瘙痒，家长要注意保持孩子肛周清洁干燥，避免因搔抓导致皮肤破损继发感染。成年患者也需注意保持肛周清洁，避免因瘙痒搔抓加重病情。
全身症状
一般肛瘘无全身症状，但当肛瘘反复发作，形成复杂性肛瘘时，可出现消瘦、贫血、精神萎靡等全身症状。急性感染期可出现发热、寒战、乏力等全身感染症状。
儿童处于生长发育阶段，复杂性肛瘘导致的全身症状可能对其生长发育产生影响，如影响营养吸收等，需及时治疗。成年患者若出现全身症状，会明显影响生活质量，应积极就医处理。
