肛瘘常见症状包括流脓，其多少与瘘管长短、多少有关，不同人群流脓情况有差异；疼痛，瘘管通畅时一般无疼痛，感染或脓液排出不畅时会疼痛，不同生活方式人群疼痛感受不同；瘙痒，因分泌物刺激致肛周不适、皮肤变化等，特殊人群瘙痒表现有别；排便不畅，多见于蹄铁型肛瘘，有肛肠基础疾病史或不良生活方式人群更明显。
是肛瘘的主要症状，脓液多少与瘘管长短、多少有关，新生瘘管流脓较多，分泌物刺激皮肤而瘙痒不适，当外口阻塞或假性愈合，瘘管内脓液积存，局部肿胀疼痛，甚至发热，以后封闭的瘘口破溃，又排出脓液，有时瘘管可排出气体或粪便。
对于不同年龄、性别等人群，流脓情况可能有所差异。例如儿童肛瘘患者，由于其身体代谢等特点，流脓情况可能相对更易受感染影响而出现变化；女性肛瘘患者在生理期等特殊时期，可能因身体抵抗力等因素使流脓症状表现略有不同。
疼痛
瘘管通畅无炎症时常不感疼痛，只感觉局部发胀和不适，行走时加重。当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，可引起疼痛。内瘘时常感到直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时疼痛加重。
不同生活方式的人群疼痛感受可能不同，比如长期久坐的人群，肛瘘发作时疼痛可能因局部受压等因素而更明显；有不良排便习惯的人群，如长期便秘者，排粪时疼痛可能会因粪便刺激肛瘘部位而加剧。
瘙痒
因肛门周围分泌物反复刺激肛周皮肤，常觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。
特殊人群如老年肛瘘患者，由于皮肤较为干燥等特点，瘙痒可能相对更明显且更易因搔抓等导致皮肤破损等情况；患有基础疾病如糖尿病的肛瘘患者，因高血糖环境利于细菌滋生等因素，瘙痒可能更严重且更难控制。
排便不畅
多见于蹄铁型肛瘘，因瘘管围绕肛管，形成半环状纤维索环，影响肛门舒张，可出现排便不畅。
对于有肛肠基础疾病病史的人群，如既往有痔疮等病史的肛瘘患者，排便不畅的情况可能因多种肛肠疾病的共同影响而更为突出；年轻人群若有不良生活方式导致肠道功能紊乱等情况，也可能使排便不畅症状更明显。
