肛瘘有肛周反复流脓、肛周肿痛、肛周瘙痒、排便困难等常见症状，肛周反复流脓时新瘘流脓多且浓稠、久瘘流脓少呈间歇性；外口封闭时肛周肿痛明显，炎症重可有发热等全身症状；脓液刺激致肛周瘙痒难忍，搔抓会加重皮肤损伤；复杂性或位置深广肛瘘会致排便困难，儿童患者还可能因排便困难出现抗拒排便、便秘等情况，女性生理期肛瘘肿痛可能加重，老年患者肛周瘙痒对睡眠影响大。
肛瘘患者的肛周会出现反复流脓的情况，脓液的量时多时少。一般来说，新生成的肛瘘流脓较多，脓液较为浓稠，颜色黄白；而时间较久的肛瘘流脓量相对较少，有时呈间歇性流脓。这是因为肛瘘内口不断有粪便、细菌等进入，刺激瘘管内分泌物产生，从而通过外口流出。例如，一些患者可观察到内裤上经常有脓性分泌物残留的痕迹。
对于儿童患者，由于其表达能力相对较弱，家长需留意孩子肛周是否有异常分泌物，若发现孩子肛周反复出现潮湿、有异味等情况，要高度警惕肛瘘可能。
肛周肿痛
当肛瘘的外口暂时封闭时，脓液无法排出，就会导致肛周肿痛。这种肿痛通常较为明显，患者能感觉到肛周有坠胀、疼痛的感觉，尤其是在行走、坐立等活动时，疼痛可能会加剧。炎症严重时，还可能伴有发热等全身症状。比如，有的患者会感觉肛周像被拉扯着疼痛，影响日常的活动和休息。
女性患者在生理期时，身体抵抗力相对下降，肛瘘的肿痛可能会加重，需要更加注意肛周的清洁和观察。
肛周瘙痒
由于脓液不断刺激肛周皮肤，患者会感到肛周瘙痒难忍。长期的瘙痒会导致患者忍不住搔抓肛周皮肤，进一步加重皮肤的损伤，甚至可能引起皮肤破溃、感染等情况。患者会发现肛周皮肤因搔抓而变得粗糙、肥厚。
老年患者皮肤本身较为干燥，肛瘘引起的肛周瘙痒可能会对其睡眠等产生较大影响，需要特别注意保持肛周清洁，避免过度搔抓。
排便困难
复杂性肛瘘或者肛瘘位置较深、范围较广时，可能会影响肛门的正常功能，导致患者出现排便困难的情况。患者会感觉排便不顺畅，有不尽感，甚至需要用力才能排出粪便。这是因为肛瘘病变可能会导致肛门括约肌功能受到一定影响，从而干扰正常的排便过程。
儿童肛瘘患者若出现排便困难，可能会因为害怕排便疼痛而抗拒排便，长期如此可能会引起便秘等问题，需要家长及时关注并采取适当措施帮助孩子缓解。
