肛瘘有流脓、肿痛、瘙痒及全身症状等表现，流脓量与病程、瘘管复杂程度有关，儿童可能更突出；肿痛程度因发作期不同而异，儿童对疼痛更敏感；瘙痒由分泌物刺激肛周皮肤引起，与分泌物刺激程度、个人卫生等有关；单纯性肛瘘无全身症状，急性感染时可出现发热等全身症状，感染严重程度决定全身症状情况，儿童免疫系统不完善更易出现明显全身症状。
表现：肛瘘最常见的症状之一是从瘘管外口持续或间断流出少量脓性、血性、黏液性分泌物。分泌物的量多少不一，在急性感染发作时，外口流出的脓液较多，且脓液的性状会因感染程度不同而有所差异，如感染严重时脓液可能较为浓稠，伴有臭味。
影响因素：肛瘘的病程长短、瘘管的复杂程度等都会影响流脓情况。一般来说，瘘管越复杂，流脓可能越频繁且量较多。对于儿童患者，由于其身体代谢相对活跃，且肛瘘的炎症反应可能相对成人更为明显，所以流脓情况可能会相对更突出一些，但具体也因个体差异而异。
肿痛
表现：当肛瘘外口暂时封闭，引流不畅时，会导致脓液积聚，引起局部肿痛。疼痛程度可轻可重，一般为胀痛或跳痛，在行走、坐立等活动时可能会加重。局部还会出现红肿，皮肤温度可能升高。
影响因素：不同年龄段的人群对肿痛的感受和耐受程度不同。儿童对疼痛的感知相对更敏感，可能会表现出哭闹不安等情况；而成年人则能更明确地描述肿痛的程度和部位。另外，肛瘘的急性发作期肿痛会更为明显，慢性期相对较轻，但也可能会有间断性的肿痛发作。
瘙痒
表现：由于肛瘘外口流出的分泌物刺激肛周皮肤，会引起肛周皮肤瘙痒，患者常不自觉地搔抓，长期搔抓可能会导致肛周皮肤增厚、色素沉着等改变。
影响因素：分泌物的刺激程度是影响瘙痒的重要因素，分泌物量多且刺激强烈时，瘙痒会更严重。对于不同年龄的人群，儿童由于皮肤相对娇嫩，搔抓后更容易引起皮肤损伤，而成年人搔抓后可能会因皮肤损伤引发感染等其他问题。同时，个人的卫生习惯也会影响瘙痒程度，如不注意肛周清洁，会加重瘙痒症状。
全身症状
表现：一般单纯性肛瘘不会引起全身症状，但当肛瘘发生急性感染时，可能会出现发热、寒战、乏力等全身症状。发热程度多为低热或中度发热，也有少数患者会出现高热。
影响因素：感染的严重程度是决定全身症状是否出现及严重程度的关键。对于儿童，由于其免疫系统发育尚不完善，在肛瘘感染时更容易出现较为明显的全身症状，如高热等，且恢复相对较慢；成年人如果身体抵抗力较强，全身症状可能相对较轻，但如果抵抗力较弱，也可能出现较明显的全身感染表现。
