肛瘘有多种症状，瘘外口间断或持续流脓、平时一般不痛感染或引流不畅时疼痛、分泌物刺激致肛周瘙痒、肛周可摸到因炎症纤维增生形成的肿块、单纯性肛瘘无全身症状复杂性感染成脓肿或长期反复发作可有发热寒战乏力、消瘦贫血等全身症状，不同年龄性别等人群表现略有差异。
是肛瘘最主要的症状。外口会间断性或持续性地流出少量脓性、血性、黏液性分泌物。分泌物的量会因瘘管的长短、粗细而有所不同。一般来说，新形成的肛瘘分泌物较多，气味刺鼻，颜色可呈黄色、白色等。当瘘管通畅时，分泌物排出顺畅；当瘘管引流不畅时，分泌物排出减少，局部会出现肿胀、疼痛等表现。不同年龄的患者，由于身体状况不同，外口流脓的表现可能略有差异。儿童肛瘘患者，因为身体新陈代谢较快，可能外口流脓相对较频繁，但具体情况还需结合个体差异。
疼痛
一般情况下，肛瘘平时疼痛不明显。当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，会感到疼痛，疼痛程度可轻可重。疼痛性质多为胀痛、跳痛等。如果肛瘘外口暂时封闭，脓液积聚，可引起局部剧烈疼痛，同时可伴有肛门周围肿胀，坐立不安等表现。不同性别患者在疼痛感受上可能没有本质差异，但女性可能在月经期间或孕期由于身体激素变化等因素，对疼痛的敏感度可能会略有不同。对于有长期不良生活方式的人群，如久坐、饮食不规律等，肛瘘疼痛可能会更明显，因为不良生活方式会影响肛门局部的血液循环和身体的抵抗力，容易导致肛瘘炎症发作。
瘙痒
由于肛瘘外口流出的分泌物刺激肛周皮肤，会引起肛周皮肤瘙痒，患者常不自觉地搔抓，可导致肛周皮肤潮湿、糜烂、湿疹样改变等。长期的瘙痒会影响患者的生活质量，尤其是对于一些需要保持良好形象的人群，如上班族等，瘙痒可能会带来心理上的压力。儿童患者由于皮肤较为娇嫩，瘙痒时搔抓更容易导致皮肤破损，进而可能引发感染加重等情况，所以更需要关注肛周皮肤的护理。
肿块
肛瘘患者有时可在肛周摸到肿块，这是因为瘘管周围组织炎症反应，纤维组织增生形成的硬结。肿块的大小不一，质地可硬可软。如果瘘管急性发炎，肿块会增大，疼痛也会加剧。不同年龄阶段的人群，肿块的表现可能有所不同。老年患者由于身体机能下降，组织修复能力较弱，肿块可能相对更难消退；而年轻患者身体修复能力较强，肿块在炎症控制后可能会有所缩小。
全身症状
一般单纯性肛瘘无全身症状。当肛瘘复杂性感染，形成脓肿时，可出现发热、寒战、乏力等全身症状。发热多为低热，也可出现高热。如果是长期反复发作的肛瘘，患者可能会出现消瘦、贫血等全身表现，尤其是一些营养不良或有基础疾病的患者，如糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体抵抗力差，肛瘘容易反复发作，全身症状可能更为明显。儿童肛瘘患者如果出现全身症状，往往提示病情较为严重，需要及时就医处理，因为儿童的身体对感染的耐受能力相对较弱，全身症状可能会快速进展。
