功能性消化不良有一些可辅助治疗的中成药，如健胃消食片、保和丸、枳实导滞丸，特殊人群使用需谨慎，儿童、孕妇、老年人使用均有不同要求。
保和丸：主要成分有山楂（焦）、六神曲（炒）、半夏（制）、茯苓、陈皮、连翘、莱菔子（炒）、麦芽（炒），有消食、导滞、和胃的作用，用于食积停滞、脘腹胀满、嗳腐吞酸、不欲饮食等，对功能性消化不良中食积停滞的情况有一定疗效，通过促进消化液分泌、增强胃肠蠕动来发挥作用。
枳实导滞丸：由枳实（炒）、大黄、黄连（姜汁炒）、黄芩、六神曲（炒）、白术（炒）、茯苓、泽泻组成，能消积导滞、清利湿热，用于饮食积滞、湿热内阻所致的脘腹胀痛、不思饮食、大便秘结、痢疾里急后重等，可缓解功能性消化不良伴有食积湿热表现的患者的症状，其作用与调节胃肠运动、改善消化功能等有关。
特殊人群方面，儿童使用中成药需谨慎，由于儿童肝肾功能发育尚未完全成熟，药物代谢能力与成人不同，应在医生指导下严格按照儿童适用的剂量使用，且要密切观察用药后的反应；孕妇属于特殊人群，使用上述中成药前需咨询医生，因为某些成分可能对胎儿产生影响；老年人肝肾功能有所减退，用药时也需在医生评估后谨慎使用，根据具体情况调整用药剂量等。
