番茄红素一般副作用较少但个体有差异，消化系统方面部分人可能有轻度胃肠道不适，大量摄入或胃肠道功能弱人群更易出现，皮肤方面极个别有泛红现象，特殊人群中孕妇和哺乳期女性摄入安全性研究有限需谨慎，有出血性疾病患者因番茄红素抗凝血性质可能增加出血风险需咨询医生。
消化系统方面
部分人可能出现轻度的胃肠道不适，如胃部有饱腹感、偶尔有恶心感等。这可能与番茄红素的摄取量以及个体胃肠道对其的耐受程度有关。一般正常剂量下发生概率较低，若大量摄入番茄红素，胃肠道的消化负担可能会加重，从而引发上述不适。对于本身胃肠道功能较弱的人群，如患有慢性胃炎、胃溃疡等疾病的人，可能相对更容易出现此类消化系统的反应，因为他们的胃肠道黏膜耐受性较差，番茄红素的摄入可能会对其产生一定刺激。
皮肤方面
极个别情况下可能出现皮肤泛红现象。这是因为番茄红素具有一定的色素特性，当摄入过量时，可能会在皮肤表层有一定体现。不过这种情况非常罕见，正常合理剂量下通常不会出现。对于皮肤敏感人群，在摄入番茄红素后需要密切观察皮肤状况，一旦出现异常泛红等情况应及时调整摄入量。
特殊人群需额外注意
孕妇和哺乳期女性：目前关于孕妇和哺乳期女性摄入番茄红素的安全性研究还相对有限。虽然正常饮食中摄取一般不会有明显不良影响，但过量摄入番茄红素可能带来的潜在风险尚不明确。所以这类特殊人群在考虑补充番茄红素时，应谨慎对待，最好在医生的专业指导下进行，以确保自身和胎儿或婴儿的健康，因为任何营养素的过量摄入都可能对特殊生理阶段的人群产生未知影响。
有出血性疾病的患者：番茄红素具有一定的抗凝血性质，虽然一般程度较低，但对于本身患有出血性疾病的患者，如血友病患者等，可能会增加出血风险。这类患者在使用涉及番茄红素相关产品或大量摄入富含番茄红素的食物时，需要咨询医生的意见，评估其对病情的影响，避免因番茄红素的摄入而加重出血性疾病的病情风险。
