以下人群不宜服用柴胡舒肝丸：过敏体质者易引发过敏反应；孕妇可能影响胎儿致致畸、流产等；肝肾功能不全者会加重肝肾负担；患有严重基础疾病者可能影响基础疾病；儿童因器官功能未完善，安全性有效性未充分验证，低龄儿童不宜服用。
一、过敏体质者
柴胡舒肝丸由柴胡、青皮（炒）、陈皮、防风、醋香附、麸炒枳壳、木香、乌药、姜半夏、茯苓、桔梗、姜厚朴、紫苏梗、豆蔻、甘草、炒山楂、炒六神曲、炒麦芽、黄芩、薄荷、酒大黄、酒白芍、当归等多种中药组成，过敏体质者可能对其中某些成分过敏，服用后易引发过敏反应，如皮肤瘙痒、皮疹、喉头水肿等，所以过敏体质者不宜服用柴胡舒肝丸。
二、孕妇
柴胡舒肝丸中的一些成分可能会对胎儿产生不良影响，从循证医学角度来看，为避免可能出现的致畸、流产等风险，孕妇应禁用柴胡舒肝丸。因为目前已有研究提示，某些中药成分可能通过胎盘影响胎儿发育，而柴胡舒肝丸中的部分药物具有一定的药性作用，所以为保障胎儿安全，孕妇不宜服用。
三、肝肾功能不全者
柴胡舒肝丸需要经过肝肾进行代谢，肝肾功能不全者的肝肾功能本身已受损，药物代谢能力下降，服用柴胡舒肝丸可能会加重肝肾的负担，进一步损害肝肾功能。例如，有研究表明，长期或不当服用可能导致肝酶升高、肾功能指标异常等情况，所以肝肾功能不全者不宜服用柴胡舒肝丸。
四、患有严重基础疾病者
如患有心脏病、高血压、糖尿病等严重基础疾病的人群。这类人群身体状况较为复杂，柴胡舒肝丸中的某些成分可能会对基础疾病产生不良影响。例如，其中的一些中药可能会影响血压、血糖的稳定，或对心脏功能产生干扰，所以患有严重基础疾病者不宜随意服用柴胡舒肝丸，需在医生评估后谨慎决定是否使用。
五、儿童
儿童处于生长发育阶段，身体各器官功能尚未发育完善，对药物的耐受能力和代谢能力与成人不同。柴胡舒肝丸中的药物成分对儿童的安全性和有效性尚未经过充分的临床验证，为避免可能出现的不良反应，如影响儿童肝肾功能、干扰正常生长发育等，低龄儿童不宜服用柴胡舒肝丸。
