女性月经头痛受多种因素影响，包括激素变化致脑血管舒缩功能波动、前列腺素作用致脑血管功能紊乱、神经递质变化影响疼痛感知、个体差异中遗传及基础疾病的作用。
前列腺素作用因素
月经期间，子宫内膜会合成并释放较多的前列腺素。前列腺素除了会引起子宫收缩外，还可能作用于脑血管，导致脑血管收缩和扩张功能紊乱，进而引发头痛。尤其是那些前列腺素合成较多的女性，更容易出现月经头痛的情况。不同生活方式的女性，如长期熬夜、作息不规律的女性，可能体内前列腺素调节机制更容易出现紊乱，从而增加月经头痛的发生风险。
神经递质影响因素
月经期间，体内的5-羟色胺等神经递质水平也会发生变化。5-羟色胺是一种与情绪和疼痛调节相关的神经递质，其水平的波动可能会影响神经系统对疼痛的感知，导致头痛的发生。有偏头痛病史的女性在月经期间，由于本身神经递质调节就存在一定异常，月经时神经递质的变化更容易诱发头痛。
个体差异因素
不同个体对月经期间身体变化的适应能力不同。一些女性可能由于遗传因素，天生对月经期间的激素、前列腺素等变化更为敏感，从而更容易出现头痛症状。例如，如果家族中有女性成员在月经期间容易头痛，那么其他女性成员出现月经头痛的概率可能相对较高。此外，患有某些基础疾病的女性，如高血压、抑郁症等，月经期间身体的内分泌和神经调节变化可能会加重头痛症状。高血压女性在月经期间，血压本身可能就不太稳定，再加上激素等因素的影响，更容易出现头痛；抑郁症女性本身神经递质调节就存在问题，月经期间神经递质的波动可能会使抑郁症状加重，同时伴随头痛的发生。
